Bacterial β-Kdo glycosyltransferases represent a new glycosyltransferase family (GT99)
Notice bibliographique
Résumé
Kdo (3-deoxy-d-manno-oct-2-ulosonic acid) is an eight-carbon sugar mostly confined to Gram-negative bacteria. It is often involved in attaching surface polysaccharides to their lipid anchors. α-Kdo provides a bridge between lipid A and the core oligosaccharide in all bacterial LPSs, whereas an oligosaccharide of β-Kdo residues links "group 2" capsular polysaccharides to (lyso)phosphatidylglycerol. β-Kdo is also found in a small number of other bacterial polysaccharides. The structure and function of the prototypical cytidine monophosphate-Kdo-dependent α-Kdo glycosyltransferase from LPS assembly is well characterized. In contrast, the β-Kdo counterparts were not identified as glycosyltransferase enzymes by bioinformatics tools and were not represented among the 98 currently recognized glycosyltransferase families in the Carbohydrate-Active Enzymes database. We report the crystallographic structure and function of a prototype β-Kdo GT from WbbB, a modular protein participating in LPS O-antigen synthesis in Raoultella terrigena The β-Kdo GT has dual Rossmann-fold motifs typical of GT-B enzymes, but extensive deletions, insertions, and rearrangements result in a unique architecture that makes it a prototype for a new GT family (GT99). The cytidine monophosphate-binding site in the C-terminal α/β domain closely resembles the corresponding site in bacterial sialyltransferases, suggesting an evolutionary connection that is not immediately evident from the overall fold or sequence similarities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».