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Enregistrement W2406465179 · doi:10.1038/srep26634

Structure of the Dictyostelium Myosin-II Heavy Chain Kinase A (MHCK-A) α-kinase domain apoenzyme reveals a novel autoinhibited conformation

2016· article· en· W2406465179 sur OpenAlexaff
Qilu Ye, Yidai Yang, Laura van Staalduinen, Scott W. Crawley, Linda Liu, Stephanie Brennan, Graham P. Côté, Zongchao Jia

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular Mechanics and Interactions
Établissements canadiensQueen's University
Organismes subventionnairesBrookhaven National LaboratoryArgonne National Laboratory
Mots-clésKinaseAllosteric regulationBiochemistryPhosphorylationProtein kinase domainResidue (chemistry)c-RafChemistryMyosin light-chain kinaseArginine kinaseEnzymeTransferaseBiologyProtein kinase AStereochemistryMitogen-activated protein kinase kinaseAmino acidArginineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The α-kinases are a family of a typical protein kinases present in organisms ranging from protozoa to mammals. Here we report an autoinhibited conformation for the α-kinase domain of Dictyostelium myosin-II heavy chain kinase A (MHCK-A) in which nucleotide binding to the catalytic cleft, located at the interface between an N-terminal and C-terminal lobe, is sterically blocked by the side chain of a conserved arginine residue (Arg592). Previous α-kinase structures have shown that an invariant catalytic aspartic acid residue (Asp766) is phosphorylated. Unexpectedly, in the autoinhibited conformation the phosphoryl group is transferred to the adjacent Asp663, creating an interaction network that stabilizes the autoinhibited state. The results suggest that Asp766 phosphorylation may play both catalytic and regulatory roles. The autoinhibited structure also provides the first view of a phosphothreonine residue docked into the phospho-specific allosteric binding site (Pi-pocket) in the C-lobe of the α-kinase domain.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,211 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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