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Enregistrement W2406853864 · doi:10.1089/gtmb.2015.0304

A Tetra-Primer Amplification Refractory System Technique for the Cost-Effective and Novel Genotyping of Eight Single-Nucleotide Polymorphisms of the Catechol-O-Methyltransferase Gene

2016· article· en· W2406853864 sur OpenAlex
Cathy K. Wang, Ana Aleksić, Michael S. Xu, Ric M. Procyshyn, Colin J.D. Ross, Fidel Vila‐Rodriguez, Alfredo Ramos‐Miguel, Ryan Yan, William G. Honer, Alasdair M. Barr

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueGenetic Testing and Molecular Biomarkers · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueNeurotransmitter Receptor Influence on Behavior
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaProvincial Health Services AuthorityRush UniversityBristol-Myers Squibb CanadaBristol-Myers Squibb
Mots-clésMolecular Inversion ProbeGenotypingSingle-nucleotide polymorphismSNP genotypingPrimer (cosmetics)rs4680GeneticsBiologyPolymerase chain reactionMultiplex polymerase chain reactionGenotypeCatechol-O-methyl transferaseVariants of PCRSanger sequencingSNPAmpliconMolecular biologyMutationGeneChemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

AIMS: Catechol-O-methyltransferase (COMT) is an enzyme involved in the degradation of catecholamine neurotransmitters. Due to its role in neurotransmitter flux, multiple COMT variants have been associated with the development of psychiatric disorders. Notably, select single-nucleotide polymorphisms (SNPs) of the COMT gene have been implicated in schizophrenia risk, severity, and treatment response. In recognition of the value of a streamlined genotyping method for COMT SNP detection, this study was designed to develop a simple and economical tetra-primer amplification refractory mutation system (T-ARMS) assay for the concurrent detection of eight COMT SNPs: rs4680, rs737865, rs165599, rs2075507, rs4633, rs4818, rs6269, and rs165774. MATERIALS AND METHODS: T-ARMS is a genotyping method that uses polymerase chain reaction (PCR) to amplify a multiplex reaction consisting of two primer pairs. T-ARMS primers are customized to each SNP and designed to generate different-sized allele-specific amplicons. This assay was applied to a total of 39 genomic DNA samples. Genotypic designations across the panel of SNPs were subsequently validated by Sanger sequencing. RESULTS: T-ARMS reliably and unambiguously detected all three genotypes (homozygous wild type, heterozygous, and homozygous mutant) for each of the eight COMT SNPs. CONCLUSIONS: Compared to traditional low-throughput methods that require post-PCR modification or high-throughput technologies that require sophisticated equipment, T-ARMS is a cost-effective and efficient assay that can be easily adapted by any standard molecular diagnostics laboratory. This T-ARMS assay provides a practical and robust method for COMT SNP detection.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,189
Score d'incertitude au seuil0,474

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,258
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle