Fluorescent <i>C</i>-Linked <i>C</i><sup>8</sup>-Aryl-guanine Probe for Distinguishing <i>syn</i> from <i>anti</i> Structures in Duplex DNA
Notice bibliographique
Résumé
The synthesis and optical properties of the carbon (C)-linked C(8)-(2"-benzo[b]thienyl)-2'-deoxyguanosine ((Bth)dG), which acts as a fluorescent reporter of syn versus anti glycosidic conformations in duplex DNA, are described. In the syn-conformation, the probe stabilizes a G:G mismatch, emits at ∼385 nm (excitation ∼285 nm), and shows an induced circular dichroism (ICD) signal at ∼320 nm. Molecular dynamics (MD) simulations predict a wedge (W)-conformation for the mismatched duplex with the C(8)-benzo[b]thienyl moiety residing in the minor groove. In contrast, the probe destabilizes the duplex when base paired with its normal pyrimidine partner C. With flanking purine bases, a major groove B-type duplex is favored with (Bth)dG present in the anti-conformation emitting at ∼413 nm (excitation ∼326 nm) and no ICD signal. However, with flanking pyrimidine bases, (Bth)dG adopts the syn-conformation when base paired with C, and MD simulations predict a base-displaced stacked (S)-conformation, with the opposing C flipped out of the helix. The different duplex (B-, S-, and W-) conformers formed upon incorporation of (Bth)dG are known to play a critical role in the biological activity of N-linked C8-dG adducts formed by arylamine carcinogens. Bulky environment-sensitive fluorescent C(8)-dG adducts that mimic the duplex structures formed by carcinogens may be useful in luminescence-based DNA polymerase assays.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».