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Enregistrement W2408397667 · doi:10.1186/s13072-016-0068-2

The chicken erythrocyte epigenome

2016· article· en· W2408397667 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueEpigenetics & Chromatin · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Chromatin Dynamics
Établissements canadiensUniversity of ManitobaChildren's Hospital Research Institute of Manitoba
Organismes subventionnairesCanada Research ChairsResearch Manitoba
Mots-clésEpigenomeBiologyHuman geneticsComputational biologyGeneticsEvolutionary biologyGeneDNA methylation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Transcriptional regulation is impacted by multiple layers of genome organization. A general feature of transcriptionally active chromatin is sensitivity to DNase I and association with acetylated histones. However, very few of these active DNase I-sensitive domains, such as the chicken erythrocyte β-globin domain, have been identified and characterized. In chicken polychromatic erythrocytes, dynamically acetylated histones associated with DNase I-sensitive, transcriptionally active chromatin prevent histone H1/H5-induced insolubility at physiological ionic strength. RESULTS: Here, we identified and mapped out all the transcriptionally active chromosomal domains in the chicken polychromatic erythrocyte genome by combining a powerful chromatin fractionation method with next-generation DNA and RNA sequencing. Two classes of transcribed chromatin organizations were identified on the basis of the extent of solubility at physiological ionic strength. Highly transcribed genes were present in multigenic salt-soluble chromatin domains ranging in length from 30 to over 150 kb. We identified over 100 highly expressed genes that were organized in broad dynamically highly acetylated, salt-soluble chromatin domains. Highly expressed genes were associated with H3K4me3 and H3K27ac and produced discernible antisense transcripts. The moderately- and low-expressing genes had highly acetylated, salt-soluble chromatin regions confined to the 5' end of the gene. CONCLUSIONS: Our data provide a genome-wide profile of chromatin signatures in relation to expression levels in chicken polychromatic erythrocytes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,573
Score d'incertitude au seuil0,645

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle