The chicken erythrocyte epigenome
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Transcriptional regulation is impacted by multiple layers of genome organization. A general feature of transcriptionally active chromatin is sensitivity to DNase I and association with acetylated histones. However, very few of these active DNase I-sensitive domains, such as the chicken erythrocyte β-globin domain, have been identified and characterized. In chicken polychromatic erythrocytes, dynamically acetylated histones associated with DNase I-sensitive, transcriptionally active chromatin prevent histone H1/H5-induced insolubility at physiological ionic strength. RESULTS: Here, we identified and mapped out all the transcriptionally active chromosomal domains in the chicken polychromatic erythrocyte genome by combining a powerful chromatin fractionation method with next-generation DNA and RNA sequencing. Two classes of transcribed chromatin organizations were identified on the basis of the extent of solubility at physiological ionic strength. Highly transcribed genes were present in multigenic salt-soluble chromatin domains ranging in length from 30 to over 150 kb. We identified over 100 highly expressed genes that were organized in broad dynamically highly acetylated, salt-soluble chromatin domains. Highly expressed genes were associated with H3K4me3 and H3K27ac and produced discernible antisense transcripts. The moderately- and low-expressing genes had highly acetylated, salt-soluble chromatin regions confined to the 5' end of the gene. CONCLUSIONS: Our data provide a genome-wide profile of chromatin signatures in relation to expression levels in chicken polychromatic erythrocytes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».