Plasma microRNA profiling predicts HIV-associated neurocognitive disorder
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: HIV-associated neurocognitive disorder (HAND) is a common neurological disorder among HIV-infected patients despite the availability of combination antiretroviral therapy. Host-encoded microRNAs (miRNA) regulate both host and viral gene expression contributing to HAND pathogenesis and can also serve as disease biomarkers. Herein, plasma miRNA profiles were investigated in HIV/AIDS patients with HAND. METHODS: Discovery and Validation Cohorts comprising HIV/AIDS patients were studied that included patients with and without HAND (non-HAND). Plasma miRNA levels were measured by array hybridization and verified by quantitative real-time reverse transcriptase PCR (qRT-PCR). Multiple bioinformatic and biostatistical analyses were applied to the data from each cohort. RESULTS: Expression analyses identified nine miRNAs in the Discovery Cohort (HAND, n = 22; non-HAND, n = 25) with increased levels (≥two-fold) in the HAND group compared with the non-HAND group (P < 0.05). In the Validation Cohort (HAND, n = 12; non-HAND, n = 12) upregulation (≥two-fold) of three miRNAs (miR-3665, miR-4516 and miR-4707-5p) was observed in the HAND group that were also increased in the Discovery Cohort's HAND patients, which were verified subsequently by qRT-PCR. Receiver-operating characteristic curve analyses for the three miRNAs also pointed to the diagnosis of HAND (area under curve, 0.87, P < 0.005). Bioinformatics tools predicted that all three miRNAs targeted sequences of genes implicated in neural development, cell death, inflammation, cell signalling and cytokine functions. CONCLUSION: Differentially expressed plasma-derived miRNAs were detected in HIV/AIDS patients with HAND that were conserved across different patient cohorts and laboratory methods. Plasma-derived miRNAs might represent biomarkers for HAND and also provide insights into disease mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».