Modular Transcriptional Networks of the Host Pulmonary Response during Early and Late Pneumococcal Pneumonia
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus pneumoniae (Spneu) remains the most lethal bacterial pathogen and the dominant agent of community-acquired pneumonia. Treatment has perennially focused on the use of antibiotics, albeit scrutinized due to the occurrence of antibiotic-resistant Spneu strains. Immunomodulatory strategies have emerged as potential treatment options. Although promising, immunomodulation can lead to improper tissue functions either at steady state or upon infectious challenge. This argues for the availability of tools to enable a detailed assessment of whole pulmonary functions during the course of infection, not only those functions biased to the defense response. Thus, through the use of an unbiased tissue microarray and bioinformatics approach, we aimed to construct a comprehensive map of whole-lung transcriptional activity and cellular pathways during the course of pneumococcal pneumonia. We performed genome-wide transcriptional analysis of whole lungs before and 6 and 48 h after Spneu infection in mice. The 4,000 most variable transcripts across all samples were used to assemble a gene coexpression network comprising 13 intercorrelating modules (clusters of genes). Fifty-four percent of this whole-lung transcriptional network was altered 6 and 48 h after Spneu infection. Canonical signaling pathway analysis uncovered known pathways imparting protection, including IL17A/IL17F signaling and previously undetected mechanisms that included lipid metabolism. Through in silico prediction of cell types, pathways were observed to enrich for distinct cell types such as a novel stromal cell lipid metabolism pathway. These cellular mechanisms were furthermore anchored at functional hub genes of cellular fate, differentiation, growth and transcription. Collectively, we provide a benchmark unsupervised map of whole-lung transcriptional relationships and cellular activity during early and late pneumococcal pneumonia.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Observationnel | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Expérimental (laboratoire) | high |
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Les modèles divergent sur des parties de cette classification; chaque voix est préservée dans la section en fin de page.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».