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Enregistrement W2411491196 · doi:10.1136/jmedgenet-2015-103578.21

MG-121 Complexity of phenotypes of females with unbalanced x-autosomal translocations exemplified by a case with 46, x,der (x)t (x;16)(p11.2;p13.2) karyotype

2015· article· en· W2411491196 sur OpenAlexaff
Daria Grafodatskaya, Edith Dell, Chumei Li, M. Elizabeth McCready

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and Clinical Aspects of Sex Determination and Chromosomal Abnormalities
Établissements canadiensMcMaster Children's HospitalMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChromosomal translocationKaryotypeBiologyGeneticsSkewed X-inactivationPhenotypeX chromosomeGene duplicationBreakpointX-inactivationChromosomal rearrangementMolecular biologyChromosomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Females with unbalanced X-autosomal translocations frequently exhibit skewed X-chromosome inactivation, as cells with the least functional imbalance have selective advantage. However, predicting the inactivation status of the translocated autosomal segment and its impact on phenotype is challenging. Active vs inactive state can depend on translocation breakpoint and sequence features of the translocated segment. Objective Report a case with 46,X,der (X)t (X;16)(p11.2;p13.2) karyotype and discuss karyotype/phenotype correlations. Results We report a 18 month old girl with intrauterine growth restriction, failure to thrive, cardiac anomalies and dysmorphic features. Oligonucleotide microarray has revealed a terminal ~9 Mb gain of chromosome 16p and terminal loss of most of Xp. A de novo unbalanced translocation t (X;16)(p11.2;p13.2) was confirmed by karyotype analysis and family studies. Androgen receptor assay further showed complete skewing of X-inactivation, suggesting that derivative X-chromosome was inactive. Phenotype of our patient was not fully consistent with either Xp deletion or 16p13.3 duplication, leaving a question about inactivation status of the translocated 16p material. A case with 46, X,der (X) t (X;16)(q28;p12) karyotype and phenotype consistent with 16p13.3 duplication syndrome was previously reported. Replication studies have shown skewed inactivation of the der (X), not spreading into 16p translocated segment.1 Conclusions Our patient phenotype suggests that while Androgen Receptor assay provides valuable information in regard of X-inactivation skewing, it has limitations for karyotype/phenotype correlations for patients with unbalanced X-autosomal translocation. Additional analysis of inactivation status of the genes of the translocated segment is underway to understand the phenotype of our patient. Reference Preis W, Barbi G, Liptay S, Kennerknecht I, Schwemmle S, Pohlandt F. X/autosome translocation in three generations ascertained through an infant with trisomy 16p due to failure of spreading of X-inactivation. Am J Med Genet. 1996;61(2):117–21

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: Étude de cas
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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