[The application of DNA sequencing in studying haplotypes of PAI-1 gene in patients with coronary artery disease].
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Using simple and efficient DNA sequencing method to determine the haplotypes derived from 4G/5G and G/A polymorphisms in promoter of plasminogen activator inhibitor-1 (PAI-1) gene and trying to associate those haplotypes with coronary artery disease(CAD). METHODS: The frequencies and genotype distribution of the two PAI-1 gene variants in 93 CAD patients and 145 control subjects were determined via denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) method. The heterozygotes for both polymorphism sites were directly sequenced to define the haplotypes based on the principle that heterozygotes of 4G/5G genotype were one guanine deletion and therefore one base shift from this site in sequencing graph results in particular wave pattern on -844G/A site. RESULTS: Only A-4G and G-5G haplotypes were detected in carriers heterozygous for both -6754G/5G and -844G/A polymorphisms sites though there are G-4G and A-5G haplotypes in carriers homozygous for both sites. No significant differences in haplotypes distribution were seen between CAD patients and control subjects. CONCLUSION: The DNA sequencing is objective and correct in determining haplotypes derived from two polymorphisms with distance less than about 400 bp apart and with one insertion/deletion polymorphism. And the haplotypes derived from -675 4G/5G and -844G/A polymorphisms are not associated with pathogenosis of CAD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».