A phylogenetic study of the tribe Antirrhineae: Genome duplications and long‐distance dispersals from the Old World to the New World
Notice bibliographique
Résumé
PREMISE OF THE STUDY: Antirrhineae is a large tribe within Plantaginaceae. Mostly concentrated in the Mediterranean Basin, the tribe members are present both in the Old World and the New World. Current Antirrhineae phylogenies have different views on taxonomic relationships, and they lack homogeneity in terms of geographic distribution and ploidy levels. This study aims to investigate the changes in the chromosome numbers along with dispersal routes as definitive characters identifying clades. METHODS: With the use of multiple DNA regions and taxon sampling enriched with de novo sequences, we provide an extensive phylogeny for Antirrhineae. The reconstructed phylogeny was then used to investigate changes in ploidy levels and dispersal patterns in the tribe using ChromEvol and RASP, respectively. KEY RESULTS: Antirrhineae is a monophyletic group with six highly supported clades. ChromEvol analysis suggests the ancestral haploid chromosome number for the tribe is six, and that the tribe has experienced several duplications and gain events. The Mediterranean Basin was estimated to be the origin for the tribe with four long-distance dispersals from the Old World to the New World, three of which were associated with genome duplications. CONCLUSIONS: On an updated Antirrhineae phylogeny, we showed that the three out of four dispersals from the Old World to the New World were coupled with changes in ploidy levels. The observed patterns suggest that increases in ploidy levels may facilitate dispersing into new environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».