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Functional mechanisms underlying pleiotropic risk alleles at the 19p13.1 breast–ovarian cancer susceptibility locus
Kate Lawrenson, Siddhartha Kar, Karen McCue, Karoline Kuchenbaeker, Kyriaki Michailidou, Jonathan P. Tyrer, Jonathan Beesley, Susan J. Ramus, Qiyuan Li, Melissa K. Delgado, Janet M. Lee, Kristiina Aittomäki, Irene L. Andrulis, Hoda Anton‐Culver, Volker Arndt, Banu Arun, Brita Arver, Elisa V. Bandera, Monica Barile, Rósa B. Barkardóttir, Daniel Barrowdale, Matthias W. Beckmann, Javier Benı́tez, Andrew Berchuck, Maria Bisogna, Line Bjørge, Carl Blomqvist, William J. Blot, Natalia Bogdanova, Anders Bojesen, Stig E. Bojesen, Manjeet K. Bolla, Bernardo Bonanni, Anne‐Lise Børresen‐Dale, Hiltrud Brauch, Paul Brennan, Hermann Brenner, Fiona Bruinsma, Joan Brunet, Shaik Ahmad Buhari, Barbara Burwinkel, Ralf Bützow, Saundra S. Buys, Qiuyin Cai, Trinidad Caldés, Ian Campbell, Rikki Cannioto, Jenny Chang‐Claude, Jocelyne Chiquette, Ji‐Yeob Choi, Kathleen Claes, Marie- Agnès Collonge-Rame, Alexandre Damette, Emmanuelle Barouk-Simonet, Françoise Bonnet, Virginie Bubien, Nicolas Sévenet, Michel Longy, Pascaline Berthet, Dominique Vaur, Laurent Castéra, Sandra Fert Ferrer, Yves‐Jean Bignon, Nancy Uhrhammer, Fanny Coron, Laurence Faivre, Amandine Baurand, Caroline Jacquot, Geoffrey Bertolone, Sarab Lizard, Dominique Leroux, Hélène Dreyfus, Christine Rebischung, Magalie Peysselon, Jean‐Philippe Peyrat, Joëlle Fournier, Françoise Révillion, Claude Adenis, Laurence Venat‐Bouvet, Mélanie Léone, Nadia Boutry‐Kryza, Alain Calender, Sophie Giraud, Carole Verny-Pierre, Christine Lasset, Valérie Bonadona, Laure Barjhoux, Hagay Sobol, Violaine Bourdon, Tetsuro Noguchi, Audrey Remenieras, Isabelle Coupier, Pascal Pujol, Johanna Sokolowska, Myriam Bronner, Capucine Delnatte, Stéphane Bezieau, Véronique Mari, Marion Gauthier‐Villars, Bruno Buecher, Étienne Rouleau, Lisa Golmard, Virginie Moncoutier, Muriel Belotti, Antoine De Pauw, Camille Elan, Emmanuelle Fourme, Anne‐Marie Birot, Claire Saule, M Laurent, Claude Houdayer, Fabienne Lesueur, Noura Mebirouk, Florence Coulet, Chrystelle Colas, Florent Soubrier, Mathilde Warcoin, Fabienne Prieur, Marine Lebrun, Danièle Muller, Jean‐Pierre Fricker, Christine Toulas, Rosine Guimbaud, Laurence Gladieff, V. Feillel, Isabelle Mortemousque, Brigitte Bressac–de Paillerets, Olivier Caron, Marine Guillaud-Bataille, Linda S. Cook, Angela Cox, Daniel W. Cramer, Simon S. Cross, Cezary Cybulski, Kamila Czene, Mary B. Daly, Francesca Damiola, Agnieszka Dansonka‐Mieszkowska, Hatef Darabi, Joe Dennis, Peter Devilee, Orland Dı́ez, Jennifer A. Doherty, Susan M. Domchek, Cecilia M. Dorfling, Thilo Dörk, Martine Dumont, Hans Ehrencrona, Bent Ejlertsen, Helen Gregory, Zosia Miedzybrodzka, Patrick J. Morrison, Alan Donaldson, Mark T. Rogers, Michael J. Kennedy, Mary Porteous, Angela Brady, Julian Barwell, Claire Foo, Fiona Lalloo, Lucy Side, Jacqueline Eason, Alex Henderson, Lisa Walker, Jackie Cook, Katie Snape, Alex Murray, Emma McCann, Christoph Engel, Eunjung Lee, D. Gareth Evans, Peter A. Fasching, Lídia Feliubadaló, Jonine D. Figueroa, Dieter Flesch‐Janys, Olivia Fletcher, Henrik Flyger, Lenka Foretová, Florentia Fostira, William D. Foulkes, Brooke L. Fridley, Eitan Friedman, Debra Frost, Gaetana Gambino, Patricia A. Ganz, Judy E. Garber, Montserrat García‐Closas, Aleksandra Gentry‐Maharaj, Maya Ghoussaini, Graham G. Giles, Rosalind Glasspool, Andrew K. Godwin, Mark S. Goldberg, Anna González‐Neira, Ellen L. Goode, Marc T. Goodman, Mark H. Greene, Jacek Gronwald, Pascal Guénel, Christopher A. Haiman, Per Hall, Emily Hallberg, Ute Hamann, Thomas van Overeem Hansen, Patricia Harrington, Mikael Hartman, Norhashimah Hassan, Sue Healey, Matti A. Rookus, F.E. van Leeuwen, Lizet E. van der Kolk, Marjanka K. Schmidt, Nicola S. Russell, Jeffrey L. Lange, R. Wijnands, J. Margriet Collée, Maartje J. Hooning, Caroline Seynaeve, Carolien H. M. van Deurzen, Inge-Marie Obdeijn, Christi J. van Asperen, Rob A.�E.�M. Tollenaar, T. C. T. E. F. van Cronenburg, C. Marleen Kets, Margreet G.E.M. Ausems, Carmen C. van der Pol, Theo A.M. van Os, Quinten Waisfisz, Hanne Meijers‐Heijboer, E. Gómez, Jan C. Oosterwijk, M J E Mourits, Geertruida H. de Bock, Hans F. A. Vasen, Sabine Siesling, Janneke Verloop, Lucy Overbeek, Florian Heitz, Josef Herzog, Estrid Høgdall, Claus Høgdall, Frans B.L. Hogervorst, Antoinette Hollestelle, John L. Hopper, Peter J. Hulick, Tomasz Huzarski, Evgeny N. Imyanitov, Stephen B. Fox, Judy Kirk, Geoffrey J. Lindeman, Melanie A. Price, David D.L. Bowtell, Anna DeFazio, Claudine Isaacs, Hidemi Ito, Anna Jakubowska, Ramūnas Janavičius, Allan Jensen, Esther M. John, Nichola Johnson, Maria Kabisch, Daehee Kang, Miroslav Kapuscinski, Beth Y. Karlan, Sofia Khan, Lambertus A. Kiemeney, Susanne K. Kjær, Julia A. Knight, Irene Konstantopoulou, Veli‐Matti Kosma, Vessela Kristensen, Jolanta Kupryjańczyk, Ava Kwong, Miguel de la Hoya, Yael Laitman, Diether Lambrechts, Nhu D. Le, Kim De Leeneer, Jenny Lester, Douglas A. Levine, Jingmei Li, Annika Lindblom, Jirong Long, Artitaya Lophatananon, Jennifer T. Loud, Karen Lu, Jan Lubiński, Siranoush Manoukian, Loı̈c Le Marchand, Sara Margolin, Frederik Marmé, Leon F.A.G. Massuger, Keitaro Matsuo, Sylvie Mazoyer, Lesley McGuffog, Catriona McLean, Iain A. McNeish, Alfons Meindl, Usha Menon, Arjen R. Mensenkamp, Roger L. Milne, Marco Montagna, Kirsten B. Moysich, Kenneth Muir, Anna Marie Mulligan, Katherine L. Nathanson, Roberta B. Ness, Susan L. Neuhausen, Heli Nevanlinna, Silje Nord, Robert L. Nussbaum, Kunle Odunsi, Kenneth Offit, Edith Oláh, Olufunmilayo I. Olopade, Janet E. Olson, Curtis Olswold, David M. O’Malley, Irene Orlow, Nick Orr, Ana Osório, Sue K. Park, Celeste Leigh Pearce, Tanja Pejović, Paolo Peterlongo, Georg Pfeiler, Catherine M. Phelan, Elizabeth M. Poole, Katri Pylkäs, Paolo Radice, Johanna Rantala, Muhammad Usman Rashid, Gad Rennert, Valerie Rhenius, Kerstin Rhiem, Harvey A. Risch, Gus Rodriguez, Mary Anne Rossing, Anja Rudolph, Helga B. Salvesen, Suleeporn Sangrajrang, Elinor J. Sawyer, Joellen M. Schildkraut, Rita K. Schmutzler, Thomas A. Sellers, Mitul Shah, Chen‐Yang Shen, Xiao‐Ou Shu, Weiva Sieh, Christian F. Singer, Olga M. Sinilnikova, Susan Slager, Honglin Song, Penny Soucy, Melissa C. Southey, Marie Stenmark‐Askmalm, Dominique Stoppa‐Lyonnet, Christian Sutter, Anthony J. Swerdlow, Sandrine Tchatchou, Manuel R. Teixeira, Soo‐Hwang Teo, Kathryn L. Terry, Mary Beth Terry, Mads Thomassen, Maria Grazia Tibiletti, Laima Tihomirova, Silvia Tognazzo, Amanda E. Toland, Ian Tomlinson, Diana Torres, Thérèse Truong, Chiu-Chen Tseng, Nadine Tung, Shelley S. Tworoger, Celine M. Vachon, Ans M.W. van den Ouweland, Helena C. van Doorn, Elizabeth J. van Rensburg, Laura J. van’t Veer, Adriaan Vanderstichele, Ignace Vergote, Joseph Vijai, Shan Wang‐Gohrke, Jeffrey N. Weitzel, Nicolas Wentzensen, Alice S. Whittemore, Hans Wildiers, Robert Winqvist, Anna H. Wu, Drakoulis Yannoukakos, Sook‐Yee Yoon, Jyh‐Cherng Yu, Wei Zheng, Ying Zheng, Kum Kum Khanna, Jacques Simard, Álvaro N.A. Monteiro, Juliet D. French, Fergus J. Couch, Matthew L. Freedman, Douglas F. Easton, Alison M. Dunning, Paul D.P. Pharoah, Stacey L. Edwards, Georgia Chenevix‐Trench, Antonis C. Antoniou
Notice bibliographique
RevueNature Communications · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Chromatin Dynamics
Établissements canadiensPublic Health OntarioMcGill UniversityUniversité LavalCentre hospitalier universitaire de QuébecMount Sinai HospitalLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity Health NetworkRoyal Victoria HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesMedical Research and Materiel CommandJonsson Comprehensive Cancer CenterNIH Office of the DirectorNational Cancer InstituteEuropean Regional Development FundNorway GrantsInstituto de Salud Carlos IIICancer Council NSWCancer Council VictoriaCancer Center, University of KansasUniversity of California, San FranciscoNational Institutes of Healthlékařská fakulta Univerzity KarlovyInstitut Català de la SalutDeutschen Konsortium für Translationale KrebsforschungLiga Portuguesa Contra o CancroUniversität UlmMinistero dello Sviluppo EconomicoUppsala UniversitetNational Health and Medical Research CouncilDeutsche KrebshilfeRoyal Marsden NHS Foundation TrustSahlgrenska UniversitetssjukhusetCancer Institute NSWMedizinischen Hochschule HannoverNational Medical Research CouncilNorges ForskningsrådCancer Council South AustraliaIstituto Oncologico VenetoMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterKreftforeningenInstitut National Du CancerCancer Council QueenslandOak FoundationLeids Universitair Medisch CentrumCanadian Institutes of Health ResearchEuropean CommissionLietuvos Mokslo TarybaHelse VestKuopion Yliopistollinen SairaalaIstituto Toscano TumoriUniversitätsklinikum Hamburg-EppendorfRoswell Park Cancer InstituteDr. Ralph and Marian Falk Medical Research TrustIsrael Cancer AssociationMinistério da Ciência, Tecnologia e InovaçãoGeneral Secretariat for Research and TechnologyDeutsche Gesetzliche UnfallversicherungNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekMinistero della SaluteUniversity of Southern CaliforniaCancerfondenAcademy of FinlandKementerian Sains, Teknologi dan InovasiUniversitair Ziekenhuis GentRobert Bosch StiftungSingapore Eye Research InstituteHungarian Scientific Research FundCancer Association of South AfricaAmerican Cancer SocietyCancer AustraliaCalifornia Breast Cancer Research ProgramUniverzita Karlova v PrazeMcGill UniversityGeneralitat de CatalunyaKing's College LondonImperial College LondonCancer Research UKWorkSafeBCOhio State UniversityCanadian Breast Cancer Research AllianceWorld Health OrganizationNational Center for Advancing Translational SciencesBundesministerium für Bildung und ForschungFrancis Crick InstituteMcGill University Health CentreDavid F. and Margaret T. Grohne Family FoundationUniversity of CambridgeFred C. and Katherine B. Andersen FoundationHelsingin ja Uudenmaan SairaanhoitopiiriCalifornia Department of Public HealthKræftens BekæmpelseKansas Bioscience AuthorityRutgers Cancer Institute of New JerseyMinistère du Développement Économique, de l’Innovation et de l’ExportationLon V. Smith FoundationGeorgetown UniversityCancer Council TasmaniaItä-Suomen YliopistoFox Chase Cancer CenterKWF KankerbestrijdingBiomedical Research CouncilClalit Health ServicesDeutsches KrebsforschungszentrumBreast Cancer Research FoundationAgency for Science, Technology and ResearchUniversity of ChicagoNRG OncologyWellcome TrustFondation du cancer du sein du QuébecUniversiteit GentNational Breast Cancer FoundationEuropean Social FundMedical Research CouncilMayo Foundation for Medical Education and ResearchAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroMinistry of Public HealthBeckman Research Institute, City of HopeNIHR Biomedical Research Centre, Royal Marsden NHS Foundation Trust/Institute of Cancer ResearchJess and Mildred Fisher Center for Familial Cancer ResearchOregon Health and Science UniversityUmeå UniversitetU.S. Department of Health and Human ServicesU.S. ArmyLandspítali HáskólasjúkrahúsMinisterio de Economía y CompetitividadOvarian Cancer Research FundRheinische Friedrich-Wilhelms-Universität BonnBreast Cancer Research TrustNational Institute for Health and Care ResearchUniversity of California, IrvineOulun YliopistoFisher Center for Alzheimer's Research FoundationBeth Israel Deaconess Medical CenterSusan G. Komen for the CureFonds Wetenschappelijk OnderzoekMinnesota Ovarian Cancer AllianceUniversity of PennsylvaniaSundhed og Sygdom, Det Frie Forskningsråd
Mots-clésAlleleLocus (genetics)Ovarian cancerGeneticsBreast cancerBiologyGeneBioinformaticsMedicineCancer
Résumé
A locus at 19p13 is associated with breast cancer (BC) and ovarian cancer (OC) risk. Here we analyse 438 SNPs in this region in 46,451 BC and 15,438 OC cases, 15,252 BRCA1 mutation carriers and 73,444 controls and identify 13 candidate causal SNPs associated with serous OC (P=9.2 × 10(-20)), ER-negative BC (P=1.1 × 10(-13)), BRCA1-associated BC (P=7.7 × 10(-16)) and triple negative BC (P-diff=2 × 10(-5)). Genotype-gene expression associations are identified for candidate target genes ANKLE1 (P=2 × 10(-3)) and ABHD8 (P<2 × 10(-3)). Chromosome conformation capture identifies interactions between four candidate SNPs and ABHD8, and luciferase assays indicate six risk alleles increased transactivation of the ADHD8 promoter. Targeted deletion of a region containing risk SNP rs56069439 in a putative enhancer induces ANKLE1 downregulation; and mRNA stability assays indicate functional effects for an ANKLE1 3'-UTR SNP. Altogether, these data suggest that multiple SNPs at 19p13 regulate ABHD8 and perhaps ANKLE1 expression, and indicate common mechanisms underlying breast and ovarian cancer risk.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,269
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations96
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui