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Enregistrement W2413500179 · doi:10.3748/wjg.v21.i35.10080

Increased catabolism and decreased unsaturation of ganglioside in patients with inflammatory bowel disease

2015· article· en· W2413500179 sur OpenAlexafffund
John Miklavcic, Tasha DL Hart, G.M. Lees, Glen K. Shoemaker, Kareena Schnabl, Oliver F. Bathe, Alan BR Thomson, Vera C. Mazurak, M. T. Clandinin

Notice bibliographique

RevueWorld Journal of Gastroenterology · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGlycosylation and Glycoproteins Research
Établissements canadiensUniversity of AlbertaAlberta Health ServicesWestern University
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaAlberta Livestock and Meat AgencyUniversity of AlbertaEli and Edythe Broad Foundation
Mots-clésGangliosideInternal medicineGastroenterologyLarge intestineUlcerative colitisPhospholipidInflammatory bowel diseaseIntestinal mucosaIleumPhosphatidylcholineMedicineEndocrinologyBiochemistryChemistryDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

AIM: To investigate whether accelerated catabolism of ganglioside and decreased ganglioside content contribute to the etiology of pro-inflammatory intestinal disease. METHODS: Intestinal mucosa from terminal ileum or colon was obtained from patients with ulcerative colitis or inflammatory Crohn's disease (n = 11) undergoing bowel resection and compared to control samples of normal intestine from patients with benign colon polyps (n = 6) and colorectal cancer (n = 12) in this observational case-control study. Gangliosides and phospholipids of intestinal mucosa were characterized by class and ceramide or fatty acid composition using liquid chromatography triple-quad mass spectrometry. Content and composition of ganglioside classes GM1, GM3, GD3, GD1a, GT1 and GT3 were compared among subject groups. Content and composition of phospholipid classes phosphatidylcholine (PC) and phosphatidylethanolamine were compared among subject groups. Unsaturation index of individual ganglioside and phospholipid classes was computed and compared among subject groups. Ganglioside catabolism enzymes beta-hexosaminidase A (HEXA) and sialidase-3 (NEU3) were measured in intestinal mucosa using western blot and compared among subject groups. RESULTS: Relative GM3 ganglioside content was 2-fold higher (P < 0.05) in intestine from patients with inflammatory bowel disease (IBD) compared to control intestine. The quantity of GM3 and ratio of GM3/GD3 was also higher in IBD intestine than control tissue (P < 0.05). Control intestine exhibited 3-fold higher (P < 0.01) relative GD1a ganglioside content than IBD intestine. GD3 and GD1a species of ganglioside containing three unsaturated bonds were present in control intestine, but were not detected in IBD intestine. The relative content of PC containing more than two unsaturated bonds was 30% lower in IBD intestine than control intestine (P < 0.05). The relative content of HEXA in IBD intestine was increased 1.7-fold (P < 0.05) and NEU3 was increased 8.3-fold (P < 0.01) compared to normal intestine. Intestinal mucosa in IBD is characterized by increased GM3 content, decreased GD1a, and a reduction in polyunsaturated fatty acid constituents in GD3, GD1a and PC. CONCLUSION: This study suggests a new paradigm by proposing that IBD occurs as a consequence of increased metabolism of specific gangliosides.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,222
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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