Identification and Validation of Reference Genes for RT-qPCR Analysis in Non-Heading Chinese Cabbage Flowers
Notice bibliographique
Résumé
Quantification of mRNA transcript levels analysis is increasingly important in furthering our insight into complex metabolic pathways and signaling networks which underlie physiological and developmental processes. Quantitative reverse transcription-PCR (RT-qPCR) has been used as the main analysis technique to quantify mRNA transcript levels as well as validate high-throughput data due to its high sensitivity, accuracy and specificity in various fields of biological research (Bustin 2002; Artico et al. 2010). However, the accuracy of RT-qPCR is easily affected by various factors, such as the quality of mRNA samples, enzymatic efficiency in cDNA synthesis, the efficiency of amplification and the differences in transcriptional activity between the tissues or cells analyzed (Pfaffl 2001; Derveaux et al. 2010). To avoid bias in RT-qPCR analysis, reliable internal controls, termed reference genes that are steadily expressed in different experimental condition, are essential for normalization. Some of the commonly used reference genes in plants, such as beta-tubulin-4 (TUB4), polyubiquitin (UBQ), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), 18S ribosomal RNA (18S rRNA), actin 7 (ACT7), DNAJ-like protein (DNAJ), and alpha tubulin-5 (TUA5), mostly involving in basic cellular processes, such as intermediary metabolism and protein translation and thus, have been widely adopted for gene expression analyses in different plant species (Die et al. 2010; Kozera and Rapacz 2013; Wei et al. 2013; Xiao et al. 2014; Delporte et al. 2015). In addition, some new reference genes including F-box protein (F-box), acyl carrier proteins (ACP), phosphoenolpyruvate carboxylase-related kinase 1 (PEPKR1), hypothetical proteins of unknown function (UNK1), SAND family protein (SAND), and TAP42-interacting protein of 41 kDa (TIP41), were identified and found to express stably (Libault et al. 2008; Chang et al. 2012; Nakashima et al. 2013). However, no single reference gene can always keep its stability under variable conditions (Kim et al. 2003; Argyropoulos et al. 2006; Fu et al. 2013; Niu et al. 2015). A systematic validation of the expression stability of candidate reference genes in each experimental system should be carried out before using these reference genes for normalization data in gene expression analysis. Meanwhile, several statistical algorithms, such as geNorm (Vandesompele et al. 2002), NormFinder (Andersen et al. 2004) and
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».