P09.44 A poct-adaptable test for the simultaneous identification of<i>n. gonorrhoeae</i>and its ciprofloxacin susceptibility status
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Every year, Neisseria gonorrhoeae (Ng) causes 106 million new gonorrhoea infections worldwide and has recently joined the fast-expanding group of multi-drug resistant superbugs. Treatment is often empirical/delayed as culture-based antibiotic susceptibility tests in current use can take several days. A Point-of-Care Test (POCT) for antimicrobial susceptibility would change this; for example, no longer recommended antibiotics such as ciprofloxacin could be used in certain regions where high percentages of isolates remain susceptible. The objective of the present study was to develop and validate a portfolio of diagnostic primer pairs for application in a Nucleic Acid Amplification-based POCT for the concurrent diagnosis of Ng and ciprofloxacin susceptibility. Methods A bioinformatics analysis of >30,000 bacterial genomes identified 9 unique signature sequences specific to Ng FA1090 that were used as targets in a SYBR green-based qPCR assay. 9 diagnostic primer pairs were evaluated for specificity and sensitivity on 271 Ng and non-gonococcal isolates. Two primer pairs targeting ciprofloxacin resistance-conferring single nucleotide polymorphisms in gyrA were tested on 200 resistant and susceptible Ng isolates. qPCR was performed by an Applied Biosystems StepOnePLusTM qPCR system. Results Out of the 9 diagnostic primer pairs tested for Ng identification, one probe failed to detect 28 positive samples of Ng out of a total of 234 isolates. Another primer pair, which amplifies the DR9 repeat region used in the COBAS4800 was not able to detect one Ng isolate collected from Hong Kong. The remaining 7 primer pairs showed 100% specificity in terms of Ng detection and were highly sensitive in detecting Ng DNA in concentrations as low as 0.00001 ng/ul. A multiplexed assay using ciprofloxacin susceptibility-determining primer pairs distinctly differentiated between resistant and susceptible isolates based on melt curve analysis. Conclusion A POCT-adaptable assay has been developed for the simultaneous identification of N. gonorrhoeae and its ciprofloxacin susceptibility status. Disclosure of interest statement The present work was supported by Grand Challenges Canada ((#S5 398). No grants were received from any company in the development of this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».