Metabarcoding reveals environmental factors influencing spatio‐temporal variation in pelagic micro‐eukaryotes
Notice bibliographique
Résumé
Marine environments harbour a vast diversity of micro-eukaryotic organisms (protists and other small eukaryotes) that play important roles in structuring marine ecosystems. However, micro-eukaryote diversity is not well understood. Likewise, knowledge is limited regarding micro-eukaryote spatial and seasonal distribution, especially over long temporal scales. Given the importance of this group for mobilizing energy from lower trophic levels near the base of the food chain to larger organisms, assessing community stability, diversity and resilience is important to understand ecosystem health. Herein, we use a metabarcoding approach to examine pelagic micro-eukaryote communities over a 2.5-year time series. Bimonthly surface sampling (July 2009 to December 2011) was conducted at four locations within Mobile Bay (Bay) and along the Alabama continental shelf (Shelf). Alpha-diversity only showed significant differences in Shelf sites, with the greatest differences observed between summer and winter. Beta-diversity showed significant differences in community composition in relation to season and the Bay was dominated by diatoms, while the Shelf was characterized by dinoflagellates and copepods. The northern Gulf of Mexico is heavily influenced by the Mobile River Basin, which brings low-salinity nutrient-rich water mostly during winter and spring. Community composition was correlated with salinity, temperature and dissolved silicate. However, species interactions (e.g. predation and parasitism) may also contribute to the observed variation, especially on the Shelf, which warrants further exploration. Metabarcoding revealed clear patterns in surface pelagic micro-eukaryote communities that were consistent over multiple years, demonstrating how these techniques could be greatly beneficial to ecological monitoring and management over temporal scales.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».