ABRAXAS (FAM175A) and Breast Cancer Susceptibility: No Evidence of Association in the Breast Cancer Family Registry
Notice bibliographique
Résumé
Approximately half of the familial aggregation of breast cancer remains unexplained. This proportion is less for early-onset disease where familial aggregation is greater, suggesting that other susceptibility genes remain to be discovered. The majority of known breast cancer susceptibility genes are involved in the DNA double-strand break repair pathway. ABRAXAS is involved in this pathway and mutations in this gene impair BRCA1 recruitment to DNA damage foci and increase cell sensitivity to ionizing radiation. Moreover, a recurrent germline mutation was reported in Finnish high-risk breast cancer families. To determine if ABRAXAS could be a breast cancer susceptibility gene in other populations, we conducted a population-based case-control mutation screening study of the coding exons and exon/intron boundaries of ABRAXAS in the Breast Cancer Family Registry. In addition to the common variant p.Asp373Asn, sixteen distinct rare variants were identified. Although no significant difference in allele frequencies between cases and controls was observed for the identified variants, two variants, p.Gly39Val and p.Thr141Ile, were shown to diminish phosphorylation of gamma-H2AX in MCF7 human breast adenocarcinoma cells, an important biomarker of DNA double-strand breaks. Overall, likely damaging or neutral variants were evenly represented among cases and controls suggesting that rare variants in ABRAXAS may explain only a small proportion of hereditary breast cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».