Spatio-Temporal History of HIV-1 CRF35_AD in Afghanistan and Iran
Notice bibliographique
Résumé
HIV-1 Circulating Recombinant Form 35_AD (CRF35_AD) has an important position in the epidemiological profile of Afghanistan and Iran. Despite the presence of this clade in Afghanistan and Iran for over a decade, our understanding of its origin and dissemination patterns is limited. In this study, we performed a Bayesian phylogeographic analysis to reconstruct the spatio-temporal dispersion pattern of this clade using eligible CRF35_AD gag and pol sequences available in the Los Alamos HIV database (432 sequences available from Iran, 16 sequences available from Afghanistan, and a single CRF35_AD-like pol sequence available from USA). Bayesian Markov Chain Monte Carlo algorithm was implemented in BEAST v1.8.1. Between-country dispersion rates were tested with Bayesian stochastic search variable selection method and were considered significant where Bayes factor values were greater than three. The findings suggested that CRF35_AD sequences were genetically similar to parental sequences from Kenya and Uganda, and to a set of subtype A1 sequences available from Afghan refugees living in Pakistan. Our results also showed that across all phylogenies, Afghan and Iranian CRF35_AD sequences formed a monophyletic cluster (posterior clade credibility> 0.7). The divergence date of this cluster was estimated to be between 1990 and 1992. Within this cluster, a bidirectional dispersion of the virus was observed across Afghanistan and Iran. We could not clearly identify if Afghanistan or Iran first established or received this epidemic, as the root location of this cluster could not be robustly estimated. Three CRF35_AD sequences from Afghan refugees living in Pakistan nested among Afghan and Iranian CRF35_AD branches. However, the CRF35_AD-like sequence available from USA diverged independently from Kenyan subtype A1 sequences, suggesting it not to be a true CRF35_AD lineage. Potential factors contributing to viral exchange between Afghanistan and Iran could be injection drug networks and mass migration of Afghan refugees and labours to Iran, which calls for extensive preventive efforts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».