Characterization by single strand conformation polymorphism of mutations in the rpoB gene of rifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis in strains from Vancouver, Mexico City and New Delhi.
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: The study was conducted to evaluate usefulness of single strand conformation polymorphism (SSCP) over DNA sequencing in the diagnosis of rifampicin (Rif)-resistant tuberculosis. METHODS: Forty seven isolates of Mycobacterium tuberculosis (MTB) Rif-resistant and 25 Rif-sensitive were obtained from Vancouver, Mexico city and New Delhi and were analyzed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of rpoB gene and the mutations were identified by DNA sequencing and SSCP. RESULTS: The mutations observed by DNA sequencing in 47 RIF-resistant isolates showed that the most common mutation among Vancouver isolates was in codon 526, Hist-->Arg and in Mexico isolates was in codon 531, Ser-Leu and New Delhi isolates was in codon 516, Asp-->Val. Using fluorescence based PCR-SSCP, it was possible to distinguish Rif-resistant isolates from Rif-sensitive isolates. CONCLUSION: DNA sequencing is a highly accurate method for the detection of mutations associated with drug resistance in tuberculosis but is more expensive and requires special equipment and personnel. SSCP is a simple, accurate method and suitable for analysis of large number of samples and the results are available in less than 72 hours.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».