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Enregistrement W2417935541 · doi:10.3899/jrheum.160424

Prospecting for Precision: Promises for Personalized Medicine

2016· letter· en· W2417935541 sur OpenAlexvenueno aff
Robert P. Kimberly

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Rheumatology · 2016
Typeletter
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSystemic Lupus Erythematosus Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSingle-nucleotide polymorphismMedicinePersonalized medicineSNPLupus nephritisGeneticsHuman genomeGenome-wide association studyGenomeComputational biologyBioinformaticsGeneGenotypeBiologyDiseaseInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In this issue of The Journal , co–first authors Kim, Bang, and colleagues present provocative data suggesting an association with the clinical response to cyclophosphamide (CYC) therapy in patients with active lupus nephritis: whether administered according to the US National Institutes of Health (NIH) regimen of monthly intravenous doses or according to the Euro-Lupus biweekly schedule, response to CYC is associated with single-nucleotide polymorphism (SNP) in the telomeric end of the FCGR gene cluster adjacent to FCGR2B on chromosome 1q231. The FCGR2B gene encodes the cell surface receptor, FcγRIIb (CD32B), which is the only Fcγ receptor with a tyrosine-based inhibitory motif in the human genome. The prospect of genetically based personalized, precision medicine coming to rheumatologic conditions apart from certain autoinflammatory and rare disease states2 and specific considerations in pharmacogenomics3 is very appealing and holds high promise for the future. The reasonable question is whether we have arrived or have more to do. The study by Kim and Bang’s group defines complete, partial, and non-responsiveness to CYC and relates these clinical categories to nearly 500,000 SNP in germline DNA obtained in a genome-wide association study. The technology is powerful and continues to advance with more densely featured SNP genotyping arrays and even with whole-genome sequencing, which is now both technically and financially within reach. Thus, the … Address correspondence to Dr. R.P. Kimberly; E-mail: rpk{at}uab.edu

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,013
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,031
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,017
Score d'incertitude au seuil0,069

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0130,031
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0030,007
Communication savante0,0130,012
Science ouverte0,0030,004
Intégrité de la recherche0,0110,022
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0170,010

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,054
Tête enseignante GPT0,353
Écart entre enseignants0,299 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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