Population structure analysis and association mapping of seed antioxidant content in USDA cowpea (Vigna unguiculata L. Walp.) core collection using SNPs
Notice bibliographique
Résumé
Cowpea (Vigna unguiculata L. Walp.) is an important legume, and the antioxidant content in cowpea seeds has been recognized as a health-promoting compound for humans. The objectives of this study were to analyze the population structure of cowpea collections and to identify single nucleotide polymorphism (SNP) markers associated with the seed antioxidant content and seed coat colour. A set of 1047 SNPs were used to analyze a 369 cowpea core collection from 47 countries. Results indicated that: (1) there were three clusters in the 369 entries; and the germplasm collected from India, South Africa, and the US showed broader genetic diversity; (2) Scaffold7139_14363 and Scaffold29110_4657 were strongly associated with antioxidant content, and C35063613_1497, Scaffold81493_886, and Scaffold84620_6785 were strongly associated with seed coat colour across three models; (3) significant correlations were detected between the seed antioxidant content and black seed colour (r = 0.45) and between seed antioxidant content and red seed coat colour (r = 0.50); and (4) Scaffold42008_191 and C35082838_2258 were associated with both seed antioxidant content and seed coat colour. The SNP markers identified could potentially be used in marker-assisted breeding to accelerate genetic improvement of cowpea for higher seed antioxidant content.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».