Identification of Clonotypic IgH VDJ Sequences in Multiple Myeloma
Notice bibliographique
Résumé
In multiple myeloma (MM) the rearranged immunoglobulin heavy chain (IgH) variable, diversity, and joining (VDJ) DNA sequence of malignant plasma cells (PCs) serves as a marker for cells in the MM clone. This clonotypic sequence can be isolated from MM PCs by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) with consensus primers that amplify the rearranged IgH repertoire. This chapter focuses on the key steps in determining patient-specific clonotypic sequences, including bulk RT-PCR using purified bone marrow mononuclear cell (BMMC) RNA, single-cell RT-PCR using RNA from PCs sorted by flow cytometry, IgH sequence alignments using IMGT or V BASE, and patient-specific primer design. In a test panel of several MM patient BMMCs, primers specific for the proposed sequence must amplify IgH from only the original patient. Furthermore, the proposed IgH sequence is not confirmed as clonotypic until these primers generate positive amplifications in the majority of single PCs from the original patient. This two-part test ensures that the proposed IgH sequence satisfies the definition of the clonotypic sequence as the most frequent, unique IgH sequence in an MM patient PC sample. With this patient-specific MM marker, a better understanding of transformed PCs and their B-lineage predecessors can be developed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».