Using Reporter Genes and the Escherichia coli ASKA Overexpression Library in Screens for Regulators of the Gram Negative Envelope Stress Response
Notice bibliographique
Résumé
We describe methods for screening the E. coliASKA overexpression library for clones that lead to altered expression of reporter genes. First, a promoter of interest is cloned upstream of either the lacZor luxCDABEgenes to yield reporter genes in which transcription is proportional to the levels of β-galactosidase or luminescence produced by strains carrying the reporter. The ASKA library is then condensed into two 96-well plates resulting in mixed preparations of 12 plasmids in each well. The plasmids in each well are transformed into the reporter strain and transformants are screened for either altered β-galactosidase or light production. The genes contained in ASKA clones that result in altered reporter gene expression are amplified and sequenced and the ASKA clone for the gene identified is retransformed into the parent reporter strain to confirm the effect. We have used screens like this one to look for new E. coligenes that, when over-expressed, result in the altered expression of promoters that are regulated by the envelope stress response. The identity of the clones can yield information about the nature of inducing cues and/or additional regulatory molecules. The techniques are broadly applicable to any microbial function of interest.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».