Insights into Symbiont Population Structure among Three Vestimentiferan Tubeworm Host Species at Eastern Pacific Spreading Centers
Notice bibliographique
Résumé
UNLABELLED: The symbiotic relationship between vestimentiferan tubeworms and their intracellular chemosynthetic bacteria is one of the more noteworthy examples of adaptation to deep-sea hydrothermal vent environments. The tubeworm symbionts have never been cultured in the laboratory. Nucleotide sequences from the small subunit rRNA gene suggest that the intracellular symbionts of the eastern Pacific vent tubeworms Oasisia alvinae, Riftia pachyptila, Tevnia jerichonana, and Ridgeia piscesae belong to the same phylotype of gammaproteobacteria, "Candidatus Endoriftia persephone." Comparisons of symbiont genomes between the East Pacific Rise tubeworms R. pachyptila and T. jerichonana confirmed that these two hosts share the same symbionts. Two Ridgeia symbiont genomes were assembled from trophosome metagenomes from worms collected from the Juan de Fuca Ridge (one and five individuals, respectively). We compared these assemblies to those of the sequenced Riftia and Tevnia symbionts. Pangenome composition, genome-wide comparisons of the nucleotide sequences, and pairwise comparisons of 2,313 orthologous genes indicated that "Ca Endoriftia persephone" symbionts are structured on large geographical scales but also on smaller scales and possibly through host specificity. IMPORTANCE: Remarkably, the intracellular symbionts of four to six species of eastern Pacific vent tubeworms all belong to the same phylotype of gammaproteobacteria, "Candidatus Endoriftia persephone." Understanding the structure, dynamism, and interconnectivity of "Ca Endoriftia persephone" populations is important to advancing our knowledge of the ecology and evolution of their host worms, which are often keystone species in vent communities. In this paper, we present the first genomes for symbionts associated with the species R. piscesae, from the Juan de Fuca Ridge. We then combine these genomes with published symbiont genomes from the East Pacific Rise tubeworms R. pachyptila and T. jerichonana to develop a portrait of the "Ca Endoriftia persephone" pangenome and an initial outline of symbiont population structure in the different host species. Our study is the first to apply genome-wide comparisons of "Ca Endoriftia persephone" assemblies in the context of population genetics and molecular evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».