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Enregistrement W2435047036 · doi:10.1093/neuonc/now067.07

PNR-08NEWLY DISCOVERED ONCOGENES DRIVING AND MAINTAINING CHOROID PLEXUS CARCINOMA PROVIDE POTENTIALLY DRUGGABLE TARGETS

2016· article· en· W2435047036 sur OpenAlexaff
Yiai Tong, Diana M. Merino, Birgit Nimmervoll, Kirti Gupta, David Finkelstein, David W. Ellison, Jinghui Zang, David Malkin, Richard J. Gilbertson

Notice bibliographique

RevueNeuro-Oncology · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHepatocellular Carcinoma Treatment and Prognosis
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDruggabilityChoroid plexusBiologyCancer researchComputational biologyNeuroscienceBiochemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Choroid plexus carcinomas (CPCs) are poorly understood and frequently lethal brain tumours with few treatment options. The role of surgical treatment is well established, but the benefit of either chemotherapy or radiotherapy remains controversial. There is a great need for new, effective and non-toxic treatments. Using a mouse model of the disease and a large cohort of human CPCs, we performed a cross-species, genome-wide search for oncogenes within syntenic regions of chromosome gain. Our data identified a group of concurrently gained oncogenes, TAF12, NFYC, and RAD54L that cooperate in the formation and progression of CPC and reveal potential avenues for therapy. These oncogenes are co-located on human chromosome 1p32-35.3 and mouse chromosome 4qD1-D3 and were amplified in tumours of both species. TAF12 and NFYC are transcription factors that regulate the epigenome, whereas RAD54L plays a central role in DNA repair. Early in postnatal life, aberrantly proliferating choroid plexus epithelium cells develop increasingly abnormal genomes leading to genotoxic crisis. While most of these cells undergo cell death, presumably through TP53-independent mechanisms, a fraction acquire aberrant DNA repair and epigenome remodeling capacity, including amplification of TAF12, NFYC, and RAD54L. This enables them to tolerate an aberrant but stable genome and drive further transformation.Validation of aberrant DNA repair as a requirement for CPC formation and maintenance could lead to new therapies, as inhibition of DNA repair enzymes should result in intolerable DNA damage. To test this hypothesis we will utilize compounds inhibiting RAD54/ATR/ATM-driven homologous recombination up-regulation at a crucial stage of tumour development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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