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Enregistrement W2441197872 · doi:10.1021/pr501316h

Comparative Shotgun Proteomic Analysis of Wastewater-Cultured Microalgae: Nitrogen Sensing and Carbon Fixation for Growth and Nutrient Removal in <i>Chlamydomonas reinhardtii</i>

2015· article· en· W2441197872 sur OpenAlexafffund
Anil Kumar Patel, Eric Huang, Étienne Low‐Décarie, Mark Lefsrud

Notice bibliographique

RevueJournal of Proteome Research · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineEnergy
ThématiqueAlgal biology and biofuel production
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésChlamydomonas reinhardtiiBiochemistryNitrogen assimilationBiologyPhotosynthesisCarbon fixationWastewaterMetabolismMetabolic pathwayNitrate reductaseSewage treatmentAmino acidFood scienceEnzymeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Chlamydomonas reinhardtii was batch-cultured for 12 days under continuous illumination to investigate nitrogen uptake and metabolic responses to wastewater processing. Our approach compared two conditions: (1) artificial wastewater containing nitrate and ammonia and (2) nutrient-sufficient control containing nitrate as sole form of nitrogen. Treatments did not differ in final biomass; however, comparison of group proteomes revealed significant differences. Label-free shotgun proteomic analysis identified 2358 proteins, of which 92 were significantly differentially abundant. Wastewater cells showed higher relative abundances of photosynthetic antenna proteins, enzymes related to carbon fixation, and biosynthesis of amino acids and secondary metabolites. Control cells showed higher abundances of enzymes and proteins related to nitrogen metabolism and assimilation, synthesis and utilization of starch, amino acid recycling, evidence of oxidative stress, and little lipid biosynthesis. This study of the eukaryotic microalgal proteome response to nitrogen source, availability, and switching highlights tightly controlled pathways essential to the maintenance of culture health and productivity in concert with light absorption and carbon assimilation. Enriched pathways in artificial wastewater, notably, photosynthetic carbon fixation and biosynthesis of plant hormones, and those in nitrate only control, most notably, nitrogen, amino acid, and starch metabolism, represent potential targets for genetic improvement requiring targeted elucidation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,378

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,074
Tête enseignante GPT0,342
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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