CFTR Regulation by Phosphorylation
Notice bibliographique
Résumé
The cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) is a tightly regulated anion channel expressed in epithelial and other cells. It conducts chloride and bicarbonate ions through the plasma membrane and also influences the activity of other channels and transporters through unknown mechanisms. CFTR has two membrane domains (TM1, TM2), each comprised of six trans-membrane segments, two nucleotide-binding folds (NBD1, NBD2) that bind and hydrolyze ATP, and a central regulatory or “R” domain (). Phosphorylation of the R domain by protein kinases Table 1) stimulates channel activity and may also enhance interactions of CFTR with other proteins. This chapter describes methods that we have found useful for studying the phosphorylation and dephosphorylation of CFTR. We emphasize simple approaches for the partial purification of CFTR and for assaying kinase and phosphatase activities using either CFTR or casein as substrate. Table 1 Predicted Phosphorylation Sites in the R Domain for Protein Kinase A (PKA), Protein Kinase C (PKC), and Casein Kinase 2 (CK2) A Context Serines Pos ??↓ Score Pred Kinase 631 ---SELQN 0.002 . 641 QPDFSSKLM 0.390 . 642 PDFSSKLMG 0.015 . 649 MGCDSFDQF 0.007 . 654 FDQFSAERR 0.590 *S* 660 ERRNSILTE 0.981 *S* PKA 670 LHRFSLEGD 0.997 *S* PKA 678 DAPVSWTET 0.997 *S* CK2 686 TKKQSFKQT 0.986 *S* PKA/PKC 700 KRKNSILNP 0.958 *S* PKA 707 NPINSIRKF 0.096 . PKC 712 IRKFSIVQK 0.889 *S* PKA 728 IEEDSDEPL 0.985 *S* 737 ERRLSLVPD 0.988 *S* PKA 742 LVPDSEQGE 0.783 *S* 753 LPRISVIST 0.990 *S* PKA 756 ISVISTGPT 0.927 *S* 768 RRRQSVLNL 0.990 *S* PKA 776 LMTHSVNQG 0.009 . 790 KTTA STRKV 0.892 *S* PKC 795 TRKVSLAPQ 0.954 *S* PKA 809 LDIYSRRLS 0.023 . 813 SRRLSQETG 0.997 *S* PKA B Context Threonines Pos ↓ Score Pred 663 NSILTETLH 0.064 . 665 ILTETLHRF 0.235 . 680 PVSWTETKK 0.055 . 682 SWTETKKQS 0.903 *T* PKC 690 SFKQTGEFG 0.068 . 717 IVQKTPLQM 0.122 . 757 SVISTGPTL 0.023 . 760 STGPTLQAR 0.033 . 774 LNLMTHSVN 0.024 . 787 IHRKTTAST 0.814 *T* PKA 788 HRKTTASTR 0.498 . 791 TTASTRKVS 0.760 *T* PKC QANLTELDI 0.021 . 816 LSQETGLEI 0.050 . C Tyrosines Pos Context Score Pred 808 ELDIYSRRL 0.474 . Score indicates probability the site would be phosphorylated according to NetPhos 2.0, a program that uses experimentally observed phosphoryla- tions in a large protein database.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».