Simple Genetic Assay Distinguishes Lamprey Genera <i>Entosphenus</i> and <i>Lampetra</i>: Comparison with Existing Genetic and Morphological Identification Methods
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Several species of lamprey belonging to the genera Entosphenus and Lampetra, including the widely distributed Pacific Lamprey E. tridentatus and Western Brook Lamprey L. richardsoni, co-occur along the West Coast of North America. These genera can be difficult to distinguish morphologically during their first few years of larval life in freshwater, thus hampering research and conservation efforts. However, existing genetic identification methods are time consuming or expensive. Here, we describe a simpler genetic assay using the Pacific Lamprey microsatellite locus Etr-1; the assay was found to be 100% reliable in distinguishing Entosphenus from Lampetra, even in genetically divergent Lampetra populations. Using a sample of 244 larvae (18–136 mm TL) from the Columbia River basin, we tested the accuracy with which previously described differences in caudal fin pigmentation can distinguish these genera. Attempts at morphological identification were abandoned for 50-mm and smaller larvae because differences in caudal fin pigmentation were very difficult to discern. However, morphological identification was correct for 81.8% of 51–70-mm larvae and 100% of 71-mm and larger larvae, which roughly corresponds with the results of previous studies. In agreement with previous work using mitochondrial DNA, our assay also supported placement of the Kern Brook Lamprey L. hubbsi (formerly E. hubbsi) into the genus Lampetra. Received November 23, 2015; accepted March 9, 2016 Published online July 7, 2016
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».