Identification of Bone Morphogenetic Protein 2 (BMP2)-Regulated Genes in Gonadotrope (LbetaT2) Cells.
Notice bibliographique
Résumé
Pituitary follicle-stimulating hormone (FSH) synthesis is regulated by proteins in the transforming growth factor beta (TGFbeta) superfamily, in particular the activins and inhibins. We recently reported that other TGFbeta ligands, bone morphogenetic proteins (BMPs) 2 and 4, can stimulate transcription of the FSHbeta subunit (Fshb) alone and synergistically with activins. We further showed that BMP2 signals via the type I receptor BMPR1A (or ALK3) to mediate its effects; however, the intracellular mechanisms through which BMP2 regulates Fshb are currently unknown. We therefore used microarray analyses (Affymetrix 430 v.2.0 GeneChips) to identify BMP2 target genes in the murine gonadotrope cell line LbetaT2. Cells were treated in duplicate with vehicle or 2 nM BMP2 for 24 h in the presence of the activin type I receptor small molecule inhibitor SB431542 to remove the potentially confounding effects of endogenous activin B signaling in these cells. The raw chip data were analyzed using FlexArray (v. 1.3 from Genome Quebec) and cluster analysis performed with the DAVID online functional annotation tool. BMP2 stimulated a greater than two-fold increase in mRNA levels of 18 genes [including inhibitor of DNA binding 1 (Id1), Id2, Id3, Asgr1, Atp2c2, Chrna2, Ephx1, Evc2, Gdf9, Gkn1, Hesx1, Klk7, Rgs6, Rya3, Smad6, tbc1d10a, Tnni3, and Tnnt1], while down-regulating the levels of seven transcripts by greater than two-fold [Calb1, Camk4, Cpa1, Crym, Matn1, Stk25, and Tg]. A subset of the genes identified on the arrays was selected for validation analyses by quantitative real-time RT-PCR. Twelve of the 13 genes tested showed changes in mRNA expression consistent with the microarray data. We are now examining the potential roles of these genes (and their protein products) in BMP2's independent and synergistic regulation of Fshb. In our initial studies, we focused on the Ids because they were among the most significantly up-regulated genes on the arrays and ID proteins have been implicated as effectors of BMP signaling in a variety of cellular systems. Depletion of endogenous Id2 and Id3, but not Id1, using short-interfering (si) RNAs diminished the synergistic effects of BMP2 and activin A on Fshb transcription. We are currently examining the functional roles, if any, of the other genes identified on the array in BMP2 regulated Fshb transcription. (poster)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».