Genome-wide search identifies a gene-gene interaction between 20p13 and 2q14 in asthma
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Many studies have attempted to identify gene-gene interactions affecting asthma susceptibility. However, these studies have typically used candidate gene approaches in limiting the genetic search space, and there have been few searches for gene-gene interactions on a genome-wide scale. We aimed to conduct a genome-wide gene-gene interaction study for asthma, using data from the GABRIEL Consortium. RESULTS: A two-stage study design was used, including a screening analysis (N = 1625 subjects) and a follow-up analysis (N = 5264 subjects). In the screening analysis, all pairwise interactions among 301,547 SNPs were evaluated, encompassing a total of 4.55 × 10(10) interactions. Those with a screening interaction p-value < 10(-5) were evaluated in the follow-up analysis. No interaction selected from the screening analysis met strict statistical significance in the follow-up (p-value < 1.45 × 10(-7)). However, the top-ranked interaction (rs910652 [20p13] × rs11684871 [2q14]) in the follow-up (p-value = 1.58 × 10(-6)) was significant in one component of a replication analysis. This interaction was notable in that rs910652 is located within 78 kilobases of ADAM33, which is one of the most well studied asthma susceptibility genes. In addition, rs11684871 is located in or near GLI2, which may have biologically relevant roles in asthma. CONCLUSIONS: Using a genome-wide approach, we identified and found suggestive evidence of replication for a gene-gene interaction in asthma involving loci that are potentially highly relevant in asthma pathogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».