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Enregistrement W2465667391 · doi:10.1093/hmg/ddw181

Genome-wide association study of 40,000 individuals identifies two novel loci associated with bipolar disorder

2016· review· en· W2465667391 sur OpenAlexaff
Liping Hou, Sarah E. Bergen, Nirmala Akula, Jie Song, Christina M. Hultman, Mikael Landén, Mazda Adli, Martin Alda, Raffaella Ardau, Bárbara Arias, Jean-Michel Aubry, Lena Backlund, Judith A. Badner, Thomas B. Barrett, Michael Bauer, Bernhard T. Baune, Frank Bellivier, Antonio Benabarre, Susanne Bengesser, Wade H. Berrettini, Abesh Kumar Bhattacharjee, Joanna M. Biernacka, Armin Birner, Cinnamon S. Bloss, Clara Brichant‐Petitjean, Elise T. Bui, William Byerley, Pablo Cervantes, Caterina Chillotti, Sven Cichon, Francesc Colom, William Coryell, David W. Craig, Cristiana Cruceanu, Piotr M. Czerski, Tony Davis, Alexandre Dayer, Franziska Degenhardt, Maria Del Zompo, J. Raymond DePaulo, Howard J. Edenberg, Bruno Étain, Peter Falkai, Tatiana Foroud, Andreas J. Forstner, Louise Frisén, Mark A. Frye, Janice M. Fullerton, Sébastien Gard, Julie Garnham, Elliot S. Gershon, Fernando S. Goes, Tiffany A. Greenwood, Maria Grigoroiu‐Serbânescu, Joanna Hauser, Urs Heilbronner, Stefanie Heilmann‐Heimbach, Stefan Herms, Maria Hipolito, Shashi Hitturlingappa, Per Hoffmann, Andrea Hofmann, Stéphane Jamain, Esther Jiménez, Jean‐Pierre Kahn, Layla Kassem, John R. Kelsoe, Sarah Kittel‐Schneider, Sebastian Kliwicki, Daniel L. Koller, Barbara König, Nina Lackner, Gonzalo Laje, Maren Lang, Catharina Lavebratt, William Lawson, Marion Leboyer, Susan G. Leckband, Chunyu Liu, Anna Maaser, Pamela B. Mahon, Wolfgang Maier, Mario Maj, Mirko Manchia, Lina Martinsson, Michael J. McCarthy, Susan L. McElroy, Melvin G. McInnis, R. Anne McKinney, Philip B. Mitchell, Marina Mitjans, Francis M. Mondimore, Palmiero Monteleone, Thomas W. Mühleisen, Caroline M. Nievergelt, Markus M. Nöthen, Tomáš Novák, John I. Nürnberger, Evaristus Nwulia, Urban Ösby, Andrea Pfennig, James B. Potash, Peter Propping, Andreas Reif, Eva Z. Reininghaus, John P. Rice, Marcella Rietschel, Guy A. Rouleau, Janusz Rybakowski, Martin Schalling, William A. Scheftner, Peter R. Schofield, Nicholas J. Schork, Thomas G. Schulze, Johannes Schumacher, Barbara Schweizer, Giovanni Severino, Tatyana Shekhtman, Paul D. Shilling, Christian Simhandl, Claire Slaney, Erin N. Smith, Alessio Squassina, Thomas Stamm, Pavla Stopková, Fabian Streit, Jana Strohmaier, Szabolcs Szelinger, Sarah K. Tighe, Alfonso Tortorella, Gustavo Turecki, Eduard Vieta, Julia Volkert, Stephanie H. Witt, A. Jordan Wright, Peter P. Zandi, Peng Zhang, Sebastian Zöllner, Francis J. McMahon

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2016
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Syndromes and Imprinting
Établissements canadiensMcGill UniversityDouglas Mental Health University InstituteMcGill University Health CentreMontreal Neurological Institute and HospitalDalhousie University
Organismes subventionnairesCommon FundNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Cancer InstituteNIH Office of the DirectorNational Institute of Mental HealthNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute on Drug AbuseUniversity of MiamiNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionNational Institutes of HealthSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungUniversity of LouisvilleMinistry of Education, IndiaBroad InstituteJohns Hopkins UniversityNational Center for Advancing Translational SciencesNational Human Genome Research InstituteWellcome TrustUniversity of PennsylvaniaWayne State University
Mots-clésGenome-wide association studyBipolar disorderGeneticsHeritabilityBiologyOdds ratioGenetic associationGenotypeMedicineSingle-nucleotide polymorphismInternal medicineGeneLithium (medication)Endocrinology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bipolar disorder (BD) is a genetically complex mental illness characterized by severe oscillations of mood and behaviour. Genome-wide association studies (GWAS) have identified several risk loci that together account for a small portion of the heritability. To identify additional risk loci, we performed a two-stage meta-analysis of >9 million genetic variants in 9,784 bipolar disorder patients and 30,471 controls, the largest GWAS of BD to date. In this study, to increase power we used ∼2,000 lithium-treated cases with a long-term diagnosis of BD from the Consortium on Lithium Genetics, excess controls, and analytic methods optimized for markers on the X-chromosome. In addition to four known loci, results revealed genome-wide significant associations at two novel loci: an intergenic region on 9p21.3 (rs12553324, P = 5.87 × 10 − 9; odds ratio (OR) = 1.12) and markers within ERBB2 (rs2517959, P = 4.53 × 10 − 9; OR = 1.13). No significant X-chromosome associations were detected and X-linked markers explained very little BD heritability. The results add to a growing list of common autosomal variants involved in BD and illustrate the power of comparing well-characterized cases to an excess of controls in GWAS.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,270 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations237
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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