Analysis of DNA in Phosphate Buffered Saline Using Kinetic Capillary Electrophoresis
Notice bibliographique
Résumé
Kinetic capillary electrophoresis (KCE) methods are useful in the study of kinetics and equilibrium properties of interactions between DNA and its binding partners (ligands). KCE experiments are typically performed in a narrow set of "conventional" low-conductivity run buffers while DNA-ligand interactions in biological systems occur in physiological fluids, characterized by high ionic strengths. The nature and ionic strength of the buffer, in which DNA-ligand interaction occurs, can significantly influence the binding. Therefore, KCE experiments meant to study such interactions would greatly benefit if they could be performed in physiological buffers, such as phosphate buffered saline (PBS). No previous KCE studies of DNA used PBS as the run buffer. Here, we test the feasibility of using PBS as a KCE run buffer for analysis of DNA and show that its usage under standard KCE conditions renders DNA undetectable. We uncover the causes of this previously unreported detrimental effect and come up with a modification of KCE which allows one to overcome it. We apply the modified KCE method to an experimental model of a platelet-derived growth factor (PDGF) protein and its DNA aptamer, which was selected in PBS, and show that the results obtained in PBS run buffer are much closer to previously reported values than those which were obtained with a conventional low-conductivity capillary electrophoresis (CE) buffer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».