A proteomic evaluation of urinary changes associated with cardiopulmonary bypass
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The urinary proteome of patients undergoing cardiopulmonary bypass (CPB) may provide important insights into systemic and renal changes associated with the procedure. Such information may ultimately provide a basis to differentiate changes or properties associated with the development of acute kidney injury. While mass spectrometry (MS) analysis offers the potential for in-depth compositional analysis it is often limited in coverage and relative quantitation capacity. The aim of this study was to develop a process flow for the preparation and comparison of the intraoperative urinary proteome. METHODS: Urines were collected from patients at the start of CPB and 1-h into CPB. Pooled samples (n = 5) from each time point were processed using a modified Filter Assisted Sample Preparation protocol. The resulting peptides were analyzed by 2D-LC-MS/MS and by 1D-LC-MS/MS SWATH (Sequential Window acquisition of All Theoretical fragment ion spectra). RESULTS: The 2D-LC-MS/MS analysis identified 1324 proteins in the two pools, of which 744 were quantifiable. The SWATH approach provided quantitation for 730 proteins, 552 of which overlapped with the common population from the 2D-IDA results. Intensity correlation filtering between the two methods gave 475 proteins for biological interpretation. Proteins displaying greater than threefold changes (>log2 1.59) at 1-hour CPB relative to the initiation of CPB (26 down-regulated and 22 up-regulated) were selected for further analysis. Up-regulated proteins were enriched in GO terms related to humoral immune response, predominantly innate immunity (C4b, lactotransferrin, protein S100-A8, cathelicidin, myeloperoxidase) and extracellular matrix reorganization (e.g. MMP-9). CONCLUSIONS: This study describes a scheme for processing urine from patients undergoing CPB for mass spectrometry-based analysis. The introduction of SWATH into the workflow offers a sample and instrument sparing approach to obtaining consistent in-depth sample analysis. The design of the methodology is such that it can be readily applied to large numbers of clinical samples with the potential for automation. The results also suggest that activation of the innate immune responses occur during cardiac bypass surgery.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle