Extent of pre-translational regulation for the control of nucleocytoplasmic protein localization
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Appropriate protein subcellular localization is essential for proper cellular function. Central to the regulation of protein localization are protein targeting motifs, stretches of amino acids serving as guides for protein entry in a specific cellular compartment. While the use of protein targeting motifs is modulated in a post-translational manner, mainly by protein conformational changes and post-translational modifications, the presence of these motifs in proteins can also be regulated in a pre-translational manner. Here, we investigate the extent of pre-translational regulation of the main signals controlling nucleo-cytoplasmic traffic: the nuclear localization signal (NLS) and the nuclear export signal (NES). RESULTS: Motif databases and manual curation of the literature allowed the identification of 175 experimentally validated NLSs and 120 experimentally validated NESs in human. Following mapping onto annotated transcripts, these motifs were found to be modular, most (73 % for NLS and 88 % for NES) being encoded entirely in only one exon. The presence of a majority of these motifs is regulated in an alternative manner at the transcript level (61 % for NLS and 72 % for NES) while the remaining motifs are present in all coding isoforms of their encoding gene. NLSs and NESs are pre-translationally regulated using four main mechanisms: alternative transcription/translation initiation, alternative translation termination, alternative splicing of the exon encoding the motif and frameshift, the first two being by far the most prevalent mechanisms. Quantitative analysis of the presence of these motifs using RNA-seq data indicates that inclusion of these motifs can be regulated in a tissue-specific and a combinatorial manner, can be altered in disease states in a directed way and that alternative inclusion of these motifs is often used by proteins with diverse interactors and roles in diverse pathways, such as kinases. CONCLUSIONS: The pre-translational regulation of the inclusion of protein targeting motifs is a prominent and tightly-regulated mechanism that adds another layer in the control of protein subcellular localization.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».