Pneumocystis jirovecii Pneumonia Outbreaks in Renal Transplant Populations in Quebec, Canada: Clinical and Molecular Epidemiology
Notice bibliographique
Résumé
Background. In 2013 and 2014, four Pneumocystis jirovecii pneumonia (PJP) outbreaks occurred among renal transplant recipient cohorts in three academic hospitals in Quebec, Canada. We investigated the outbreaks seeking to (1) determine risk factors associated with development of PJP and (2) elucidate the likely mode of transmission. Methods. A case-control study was conducted. Cases were defined as patients who had undergone kidney transplantation in one of the three centers and who were diagnosed with proven PJP during outbreak periods. Controls were randomly selected among all patients followed through outpatient transplant clinics during the outbreak periods. Bronchoalveolar lavage samples from 16 cases were available and used for PJ genotyping by multilocus sequence typing. Air samples were collected for detection of PJ DNA (mitochondrial large subunit RNA gene) using real-time polymerase chain reaction. Results. A total of 22 cases and 88 control patients were identified. Genotyping confirmed isolate clonality within each outbreak. The cases occurred a median of 112 months after transplantation. None of the cases was receiving targeted PJP prophylaxis at time of diagnosis. Independent risk factors for developing PJP included administration of anti-thymocyte antibodies after the transplant (adjusted odds ratio [aOR] 4.73, 95% confidence interval [95% CI] 1.12-19.89), glomerular filtration rate < 30 mL/min (aOR 4.65, 95% CI 1.22-17.78), and absolute lymphocyte counts below 1000 (aOR 5.53, 95% CI 1.40-21.94). Analysis of contacts in the outpatient clinic showed an increased tendency for cases to have attended the outpatient clinic the same day as a future (within two months) case of PJP (OR 1.56, 95% CI 0.59-4.13). Air sampling carried out in one center also showed the presence of PJ DNA in outpatient transplant clinic samples. Conclusion. The development of PJP is associated with host risk factors that translate to increased immunosuppression. Collectively, the molecular and epidemiological data support person-to-person transmission of the disease, possibly via airborne particles. This study underlines the need for prophylaxis in certain contexts and the importance of avoiding close contact between patients with PJP and other susceptible hosts. Disclosures. All authors: No reported disclosures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».