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Enregistrement W2470329500 · doi:10.1002/cyto.b.21393

Use FlowRepository to share your clinical data upon study publication

2016· article· en· W2470329500 sur OpenAlexafffund
Josef Špidlen, Ryan R. Brinkman

Notice bibliographique

RevueCytometry Part B Clinical Cytometry · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensUniversity of British ColumbiaBC Cancer Agency
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésData sharingComputer sciencePublishingData publishingData scienceOpen dataData qualityWorld Wide WebMedicinePolitical scienceBusinessPathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A fundamental tenet of scientific research is that published results including underlying data should be open to independent validation and refutation. Data sharing encourages collaboration, facilitates quality and reduces redundancy in data production. Authors submitting manuscripts to several journals have already adopted the habit of sharing their underlying flow cytometry data by deposition to FlowRepository-a data repository that is jointly supported by the International Society for Advancement of Cytometry, the International Clinical Cytometry Society and the European Society for Clinical Cell Analysis. De-identification is required for publishing data from clinical studies and we discuss ways to satisfy data sharing requirements and patient privacy requirements simultaneously. Scientific communities in the fields of microarray, proteomics, and sequencing have been benefiting from reuse and re-exploration of data in public repositories for over decade. We believe it is time that clinicians follow suit and that de-identified clinical data also become routinely available along with published cytometry-based findings. © 2016 International Clinical Cytometry Society.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,014
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,084
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Science ouverte, Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,996
Score d'incertitude au seuil0,516

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0140,084
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0110,007
Études des sciences et des technologies0,0020,002
Communication savante0,0090,007
Science ouverte0,0040,006
Intégrité de la recherche0,0050,005
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,6390,489

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,296
Tête enseignante GPT0,436
Écart entre enseignants0,141 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
DomaineReproductibilité
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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