Genome-wide Mapping of DNA Fragmentation in Elongating Spermatids.
Notice bibliographique
Résumé
Spermatozoa of many infertile men present high DNA fragmentation levels and an altered or incomplete chromatin packaging of unknown origin. However, recent findings by our group and others demonstrated a programmed DNA fragmentation and DNA damage response in elongating spermatids of mice and rats. The persistence of this DNA fragmentation in later steps may alter the fertilizing potential of the male gamete. In this study, our aims was to design a new technique to map genome-wide DNA breaks with the goal of identifying sensitive loci harboring DNA fragmentation in elongating spermatids of mice. Here we describe a new strategy to map genome-wide DNA strand breaks termed "damaged DNA immunoprecipitation" or dDIP, that uses immunoprecipitation and the terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dUTP-biotin end labeling (TUNEL). The sensitivity and specificity of this approach was assessed by real-time polymerase chain reaction in vitro, with plasmid DNA and in vivo, in transformed E. coli bacteria using a plasmid as target. The mating-type locus of the yeast S. cerevisiae was also used as an endogenous double-strand break model. Application to DNA fragmentation in spermatids is therefore straightforward. Using these models, we demonstrate the specific capture of any sequence harboring a DNA strand break. The sensitivity and specificity of this technique was also established as we isolated DNA fragments in the vicinity of the DNA damage in very low concentration of starting material and within a large pool of captured DNA sequences. When used in combination with DNA microarray, quantitative PCR or sequencing technologies, dDIP will allow researchers to map genome-wide DNA strand breaks and other types of DNA damage that can be converted as strand breaks and to establish a comprehensive profile of genes and intergenic sequences harboring DNA damage. Using this approach, we will map DNA fragmentation found in elongating spermatids to understand their importance in the chromatin remodeling process and to identify hotspots as a potential source of genomic instability. Furthermore, mapping DNA fragmentation of spermatozoa of infertile men by this technique may be the first step toward the understanding of many cases of human infertility and the identification of sensitive hotspots of male infertility.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».