Redundant contribution of a Transient Receptor Potential cation channel Member 1 exon 11 single nucleotide polymorphism to equine congenital stationary night blindness
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Congenital stationary night-blindness (CSNB) is a recessive autosomal defect in low-light vision in Appaloosa and other horse breeds. This condition has been mapped by linkage analysis to a gene coding for the Transient Receptor Potential cation channel Member 1 (TRPM1). TRPM1 is normally expressed in the ON-bipolar cells of the inner nuclear layer of the retina. Down-regulation of TRPM1 expression in CSNB results from a transposon-like insertion in intron 1 of the TRPM1 gene. Stop transcription signals in this transposon significantly reduce TRPM1 primary transcript levels in CSNB horses. This study describes additional contributions by a second mutation of the TRPM1 gene, the ECA1 108,249,293 C > T SNP, to down-regulation of transcription of the TRPM1 gene in night-blind horses. This TRPM1 SNP introduces a consensus binding site for neuro-oncological ventral antigen 1 (Nova-1) protein in the primary transcript. Nova-1 binding disrupts normal splicing signals, producing unstable, non-functional mRNA transcripts. RESULTS: Retinal bipolar cells express both TRPM1 and Nova-1 proteins. In vitro addition of Nova-1 protein retards electrophoretic migration of TRPM1 RNA containing the ECA1 108,249,293 C > T SNP. Up-regulating Nova-1 expression in primary cultures of choroidal melanocytes carrying the intron 11 SNP caused an average log 2-fold reduction of ~6 (64-fold) of TRPM1 mRNA expression. CONCLUSIONS: These finding suggest that the equine TRPM1 SNP can act independently to reduce survival of TRPM1 mRNA escaping the intron 1 transcriptional stop signals in CSNB horses. Coexistence and co-inheritance of two independent TRPM1 mutations across 1000 equine generations suggests a selective advantage for the apparently deleterious CSNB trait.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».