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Enregistrement W2473904577 · doi:10.1021/acs.jmedchem.6b00668

Discovery of a Potent and Selective Coactivator Associated Arginine Methyltransferase 1 (CARM1) Inhibitor by Virtual Screening

2016· article· en· W2473904577 sur OpenAlexaff
Renato Ferreira de Freitas, Mohammad S. Eram, David Smil, Magdalena M. Szewczyk, Peter J. Brown, Vijayaratnam Santhakumar, Dalia Baršytė-Lovejoy, C.H. Arrowsmith, Masoud Vedadi, Matthieu Schapira

Notice bibliographique

RevueJournal of Medicinal Chemistry · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related gene regulation
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreStructural Genomics ConsortiumUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesWellcome Trust
Mots-clésMethyltransferaseVirtual screeningChemistryProtein arginine methyltransferase 5ArginineBiochemistryPhenotypic screeningIC50Docking (animal)EnzymeComputational biologyDrug discoveryPharmacologyPhenotypeAmino acidIn vitroMethylationBiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Protein arginine methyltransferases (PRMTs) represent an emerging target class in oncology and other disease areas. So far, the most successful strategy to identify PRMT inhibitors has been to screen large to medium-size chemical libraries. Attempts to develop PRMT inhibitors using receptor-based computational methods have met limited success. Here, using virtual screening approaches, we identify 11 CARM1 (PRMT4) inhibitors with ligand efficiencies ranging from 0.28 to 0.84. CARM1 selective hits were further validated by orthogonal methods. Two structure-based rounds of optimization produced 27 (SGC2085), a CARM1 inhibitor with an IC50 of 50 nM and more than hundred-fold selectivity over other PRMTs. These results indicate that virtual screening strategies can be successfully applied to Rossmann-fold protein methyltransferases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,224
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations58
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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