A genetically encoded inhibitor of 53BP1 to stimulate homology-based gene editing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The expanding repertoire of programmable nucleases such as Cas9 brings new opportunities in genetic medicine 1–3 . In many cases, these nucleases are engineered to induce a DNA double-strand break (DSB) to stimulate precise genome editing by homologous recombination (HR). However, HR efficiency is nearly always hindered by competing DSB repair pathways such as non-homologous end-joining (NHEJ). HR is also profoundly suppressed in non-replicating cells, thus precluding the use of homology-based genome engineering in a wide variety 4 of cell types. Here, we report the development of a genetically encoded inhibitor of 53BP1 (known as TP53BP1), a regulator of DSB repair pathway choice 5 . 53BP1 promotes NHEJ over HR by suppressing end resection, the formation of 3-prime single-stranded DNA tails, which is the rate-limiting step in HR initiation. 53BP1 also blocks the recruitment of the HR factor BRCA1 to DSB sites in G1 cells 4,6 . The inhibitor of 53BP1 (or i53) was identified through the screening of a massive combinatorial library of engineered ubiquitin variants by phage display 7 . i53 binds and occludes the ligand binding site of the 53BP1 Tudor domain with high affinity and selectivity, blocking its ability to accumulate at sites of DNA damage. i53 is a potent selective inhibitor of 53BP1 and enhances gene targeting and chromosomal gene conversion, two HR-dependent reactions. Finally, i53 can also activate HR in G1 cells when combined with the activation of end-resection and KEAP1 inhibition. We conclude that 53BP1 inhibition is a robust tool to enhance precise genome editing by canonical HR pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».