Association of <i>isocitrate dehydorgenase-1</i> (<i>IDH-1</i>) mutations with elevated oncometabolite 2-hydroxyglutarate (2HG) in advanced colorectal cancer.
Notice bibliographique
Résumé
627 Background: IDH-1 mutations are common in AML, gliomas, and intrahepatic cholangiocarcinoma. The enzyme product of the IDH-1 R132 variant preferentially catalyzes the NADPH-dependent reduction of alpha-ketoglutarate to the oncometabolite R-2-Hydroxyglutarate (R-2HG), resulting in accumulation of R-2HG, relative to its enantiomer, S-2HG. Elevated plasma levels of 2HG and/or higher ratios of R/S have been observed in AML and intrahepatic cholangiocarinoma, but not in gliomas. Only a few cases of IDH-1/2 mutations have been reported in advanced colorectal cancers (CRC). We investigated plasma levels of 2HG and relative ratios of R/S in CRC patients harboring IDH-1/2mutations. Methods: Between 2012 and 2015, 428 patients with advanced CRC were molecularly profiled through the COMPACT and IMPACT programs at the Princess Margaret Cancer Centre. Tumor DNAs were isolated from FFPE archived samples and genotyped using a customized Sequenom panel or Illumina MiSeq TruSeq Amplicon Cancer Panel in a CLIA-certified laboratory. Plasma samples from patients harboring IDH-1/2mutations and 4 gender/age matched control patients were analyzed for 2HG, R-2HG and S-2HG using HPLC tandem mass spectrometry coupled with a CHIROBIOTIC R column. Results: Of 428 patients with advanced CRC, 4 (0.9%) patients were identified to harbor IDH-1 mutation. No IDH-2 mutations were detected. The variants identified were R132C (2 patients), R132S, and R132H. 3 of 4 patients also harbored KRAS mutations. Patients with IDH-1 mutations had higher levels of 2HG (319 ± 102 ng/ml vs 195 ± 43 ng/ml, p = 0.043). The ratio of R/S were 0.44, 0.75, 1.59, and 2.60 in 4 patients with IDH-1 mutations and 1.3, 0.90, 0.41 and 0.67 in 3 patients without IDH-1mutations. Conclusions: IDH-1 mutations are rare in advanced CRC. 3 of 4 patients in our study had concurrent KRAS mutations. Patients with IDH-1 mutations had higher levels of oncometabolite 2HG compared with controls with no difference in R/S ratio.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».