MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2476371460 · doi:10.14288/1.0166778

Studies on the structure and composition of the outer membrane of Caulobacter crescentus

2015· article· en· W2476371460 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevuecIRcle (University of British Columbia) · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrobial Metabolism and Applications
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCaulobacter crescentusComposition (language)ChemistryBacterial outer membraneBiochemistryBacterial proteinGeneEscherichia coli

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Classically, outer membranes are half lipid, half protein, and the outmost layers of Gram- negative bacteria. For Caulobacter crescentus the outer membrane is the penultimate layer beneath a protein surface layer (S-layer). The S-layer of the caulobacter cell envelope is an exciting platform for high density peptide display and biotechnology development. We focused on elucidating the structure of the outer membrane by crystallizing the S-layer protein, RsaA; solving the structure of the the lipopolysaccharide; and characterizing a newly discovered porin, OmpW. S-layer proteins are highly resistant to crystallization, because wo-dimensional S-layer formation out competes three-dimensional crystal formation. To achieve a crystallisable form of RsaA, a C-terminal truncation version was constructed and expressed in the native host, C. crescentus. The secreted protein was prone to aggregation, so low agitation and slow concentration protocols had to be developed. The RsaA truncate produced large crystals that diffracted to <2.5 Å. Solving the phases proved to be a serious hurdle and the final protein structure remains unsolved. The lipopolysaccharide of C. crescentus is the anchor that supports the S-layer. The structure of the lipid A portion was solved previously but structures for the core oligosaccharide and the O-polysaccharide had not been deduced. In collaboration with Dr. Evgeny Vinogradov, these remaining structures were solved. The core oligosaccharide has a branched heptasaccharide structure. The O-polysaccharide is a heptasaccharide containing the dideoxy sugar N-acetylperosamine. Additionally, a rhamnan polysaccharide was discovered and its structure was determined. Porins, non-specific passive protein channels, are significant components of classical Gram-negative outer membranes. Despite this, no porin had ever been identified in C. crescentus. We report the identification and characterization of the porin OmpW in C. crescentus. OmpW has low conductance of 125 pSv in 1 M KCl. That is interesting because homologous porins in other bacteria have no detectable pore-forming activity. The cell envelopes of bacteria are remarkable structures; the work here illuminates the unique structures present in the caulobacter envelope.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,959
Score d'incertitude au seuil0,451

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,193
Écart entre enseignants0,182 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle