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Enregistrement W2478374710 · doi:10.1093/biolreprod/81.s1.356

Effect of Culture Stress on Expression of RNA Binding Proteins and Target mRNAs in Mouse Embryos.

2009· article· en· W2478374710 sur OpenAlexaffabout
Michele D. Calder, Patricia H. Watson, Andrew J. Watson

Notice bibliographique

RevueBiology of Reproduction · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyEmbryoMolecular biologyMessenger RNAGene expressionCell cultureRNA-binding proteinp38 mitogen-activated protein kinasesCell biologyEmbryo cultureProtein biosynthesisBlastocystMAPK/ERK pathwayEmbryogenesisBiochemistryKinaseGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

RNA binding proteins (RBP) are expressed in mammalian cells and they affect storage, splicing, localization, adenylation, half-life and translation of mRNAs. Previously, we detected expression of ELAVL1, KHSRP and ZFP36 RBPs in mouse embryos by real-time PCR and immunofluorescence and showed abundance of two RBPs and one target mRNA were affected by culture. Generally, ELAVL1 increases expression of target mRNAs while KHSRP and ZFP36 decrease mRNA expression. Furthermore, all are known to be regulated by MAPK, especially p38. The roles of environmental stress and MAPKs in affecting RBP and target mRNA expression were investigated. Three potential ARE-containing targets were chosen based on the likelihood that their expression would be culture-responsive, GCLC (glutathione synthesis), SLC2A1 (GLUT-1, glucose transport) and CAT-1 (amino acid transport). We investigated two methods of inducing environmental stress: 1) hyperoxia (H, 20% O2) versus low oxygen (L, 5% O2); and 2) culturing embryos in a good culture medium, KSOMaa (K) versus a poor medium without amino acids, Whitten's (W), ± the p38 MAPK inhibitor, SB220025 (10 ìM) or 3) culture in K or W ± the ERK inhibitor U0126 (10 ìM). In expt 1, embryos were cultured from the 2 cell stage in KSOMaa under a 5% or 20% O2 atmosphere to approximately 96h post hCG, and only blastocysts were collected. In expts 2 and 3, embryos were cultured from 2-cell to blastocyst in KSOMaa in 5% O2, then embryos were washed twice and cultured in a) K; b) K + inhibitor, c) W; d) W + inhibitor for approximately 18h. Embryos were frozen, reverse transcribed with oligodT and used for real-time PCR. GCLC (P < 0.001) and CAT-1 mRNAs (P< 0.01) were expressed at higher levels in H vs. L medium, and there was a tendency towards higher expression of SLC2A1 in H than L (P < 0.065). In expt. 2, there were no significant differences due to media, but p38 MAPK inhibition caused expression of CAT-1 mRNA to be markedly reduced (P < .001). In experiment 3, GCLC mRNA was more highly expressed in W than K (P < 0.003), and there was a tendency towards higher expression of CAT-1 mRNA in W than K (P < 0.06) but no differences in the presence of the ERK inhibitor. Further experiments will examine the role of the JUNK/SAPK pathway and examine whether stress affects mRNA half-life. We have therefore identified a culture sensitive stress response pathway that mediates affects on transcript levels likely by affecting mRNA stability rather than transcription. Culture stress acting through the p38 MAPK pathway may influence embryonic mRNA transcript levels via RBP mediated mechanisms controlling target mRNA abundance. Variations in mRNAs levels observed in cultured embryos may therefore occur due to effects to mRNA stability and half-life in addition to transcriptional control mechanisms. Research support by the Natural Science and Engineering Council of Canada (NSERC). (poster)

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,271 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2009
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