Development of species-specific primers with potential for amplifying eDNA from imperilled freshwater unionid mussels
Notice bibliographique
Résumé
Environmental DNA (eDNA) is emerging as a potentially powerful tool for inferring species' presence, and hence occupancy, from DNA that is shed into environmental samples such as water. Although eDNA screening has been used to detect DNA from a variety of taxonomic groups, it has not yet been used to identify DNA from species with numerous potentially sympatric confamilial species, a situation that may preclude the development of species-specific markers. There are 41 native freshwater mussel species (Unionidae) in Ontario, Canada. Many of these are potentially sympatric, and 14 species have been formally assessed as endangered, threatened, or special concern. We investigated whether there was sufficient variation within the cytochrome oxidase region (COI) to develop species-specific eDNA markers for at-risk unionids. We developed 32 COI markers for eight unionid species, and tested each of these on the target species plus 29 potentially sympatric unionid taxa. Six of these markers amplified DNA only from the intended target species. We then extracted and amplified mussel eDNA from rearing-tank water samples. We conclude that despite high species diversity, it should be possible to develop eDNA COI markers and screen water samples for habitat occupancy by unionid mussels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».