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Enregistrement W2482115826 · doi:10.1107/s2052520616007447

Report on the sixth blind test of organic crystal structure prediction methods

2016· article· en· W2482115826 sur OpenAlexaff
Anthony M. Reilly, Richard I. Cooper, Claire S. Adjiman, Saswata Bhattacharya, A. Daniel Boese, Jan Gerit Brandenburg, Peter J. Bygrave, Rita Bylsma, Josh E. Campbell, Roberto Car, David H. Case, Renu Chadha, Jason C. Cole, Katherine Cosburn, H. M. Cuppen, Farren Curtis, Graeme M. Day, Robert A. DiStasio, Alexander Dzyabchenko, Bouke P. van Eijck, Dennis M. Elking, Joost A. van den Ende, Julio C. Facelli, Marta B. Ferraro, László Füsti-Molnár, Christina-Anna Gatsiou, Thomas S. Gee, R. De Gelder, Luca M. Ghiringhelli, Midori Goto, Stefan Grimme, Rui Guo, Detlef W. M. Hofmann, Johannes Hoja, Rebecca K. Hylton, Luca Iuzzolino, Wojciech K. Jankiewicz, Daniël T. De Jong, John Kendrick, Niek J. J. de Klerk, Hsin-Yu Ko, L. N. Kuleshova, Xiayue Li, Sanjaya Lohani, Frank J. J. Leusen, Albert M. Lund, Jian Lv, Yanming Ma, Noa Marom, Artëm E. Masunov, Patrick McCabe, David P. McMahon, Hugo Meekes, Michael P. Metz, Alston J. Misquitta, Sharmarke Mohamed, Bartomeu Monserrat, R. J. Needs, Marcus A. Neumann, Jonas Nyman, Shigeaki Obata, Harald Oberhofer, Artem R. Oganov, Anita M. Orendt, Gabriel I. Pagola, Constantinos C. Pantelides, Chris J. Pickard, Rafał Podeszwa, Louise S. Price, Sarah L. Price, Angeles Pulido, Murray G. Read, Karsten Reuter, Elia Schneider, Christoph Schober, G.P. Shields, Pawanpreet Singh, Isaac J. Sugden, Krzysztof Szalewicz, Christopher R. Taylor, Alexandre Tkatchenko, Mark E. Tuckerman, Francesca Vacarro, Manolis Vasileiadis, Álvaro Vázquez‐Mayagoitia, Leslie Vogt-Maranto, Yanchao Wang, Rona E. Watson, G. A. de Wijs, Jack Yang, Qiang Zhu, Colin R. Groom

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section B Structural Science Crystal Engineering and Materials · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueCrystallography and molecular interactions
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesEngineering and Physical Sciences Research Council
Mots-clésHydrateMoleculeRanking (information retrieval)Crystal structure predictionOrganic moleculesDensity functional theoryCrystal (programming language)Computer scienceMaterials scienceComputational chemistryChemistryArtificial intelligenceOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The sixth blind test of organic crystal structure prediction (CSP) methods has been held, with five target systems: a small nearly rigid molecule, a polymorphic former drug candidate, a chloride salt hydrate, a co-crystal and a bulky flexible molecule. This blind test has seen substantial growth in the number of participants, with the broad range of prediction methods giving a unique insight into the state of the art in the field. Significant progress has been seen in treating flexible molecules, usage of hierarchical approaches to ranking structures, the application of density-functional approximations, and the establishment of new workflows and `best practices' for performing CSP calculations. All of the targets, apart from a single potentially disordered Z' = 2 polymorph of the drug candidate, were predicted by at least one submission. Despite many remaining challenges, it is clear that CSP methods are becoming more applicable to a wider range of real systems, including salts, hydrates and larger flexible molecules. The results also highlight the potential for CSP calculations to complement and augment experimental studies of organic solid forms.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,108
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,235
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,892
Score d'incertitude au seuil0,570

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1080,235
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,003
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0040,003
Communication savante0,0070,005
Science ouverte0,0050,009
Intégrité de la recherche0,0060,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0260,019

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
DomaineMéthodes
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations605
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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