Abstract 2390: The polyclonal nature of multinodular goitre revealed by DICER1 sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Nontoxic multinodular goitre (MNG) occurs frequently in the general population and is characterised by nodular enlargement of the thyroid gland. In 2011, Rio Frio et al discovered that familial MNG and MNG occurring with Sertoli-Leydig cell tumours were associated with germ-line mutations in the microRNA-processing gene, DICER1. We recently reported the first instance of biallelic DICER1 mutations in an MNG. This prompted us to further investigate the role of DICER1 mutations in MNG pathogenesis. Given that MNG may either be a monoclonal or polyclonal disease, we set out to investigate whether the molecular landscape was correspondingly heterogeneous. We obtained core biopsies (n = 27) from 9 MNGs. 1mm cores were excised from morphologically distinct regions, including from areas of follicular hyperplasia (FH), hyperplasia within colloid pools (HC) and/or otherwise unremarkable areas. DNA extracted from each core was processed using a custom Fluidigm Access Array followed by deep sequencing. We focused our investigation on the RNase IIIb domain of DICER1 to identify known hotspot mutations. All mutations were validated by Sanger sequencing. We identified 6 individually distinct DICER1 RNase IIIb hotspot mutations in 14 (of 27) cores consisting of FH or HC (Table 1). These mutations affected the metal-ion binding residues at positions 1705, 1709, 1810 & 1813. Two MNGs that arose in individuals without germ-line DICER1 mutations did not carry any RNase IIIb hits. Of the remaining 7 germ-line DICER1-mutated cases, 2 carried 1 RNase IIIb mutation; 4 carried 2 different RNase IIIb mutations and one case did not carry any successfully-validated RNase IIIb mutations. We demonstrate that spatial heterogeneity of RNase IIIb DICER1 mutations exists in MNG. We postulate that cyclic hyperplasia followed by regression over time in response to external stimuli, particularly in germ-line DICER1 mutation carriers, contributes to the polyclonal accumulation of RNase IIIb mutations in MNG. Table 1:DICER1 RNase IIIb Mutation FrequenciesCaseGerm-line DICER1 StatusMorphologyc.5113G>A p.E1705Kc.5125G>A p.D1709Nc.5126A>G p.D1709Gc.5428G>T p.D1810Yc.5429A>T p.D1810Vc.5437G>C p.E1813Q1PositiveHC41.7–––––FH–––––22.12PositiveFH––––––UR––––––HC––––––UR––––––HC––Sanger–––HC––Sanger–––3PositiveHC––––29.2–FH–43.7––––FH–28.8––––4PositiveHC––30.6–––UR––––––HC––33.1–––FH–––52.3––5PositiveHC––––––HC with FH––––––6PositiveFH–––––39.3FH–––––13.1FH––––––7PositiveFH–––41.8––FH28.0–––––8NegativeFH––––––HC––––––9NegativeFH––––––PTC––––––FH––––––Abbreviations: FH, follicular hyperplasia; HC, hyperplasia within colloid pools; UR, unremarkable; PTC, papillary thyroid ca. Notes: Each row corresponds to a separate core. Mutant allele frequencies are indicated in each cell (all >10%); ‘‘–’’ indicates mutation not observed in core DNA; Sanger, indicates mutations previously identified in an independent PCR from bulk MNG DNA, tested by Sanger sequencing. All Fluidigm positives were confirmed by Sanger sequencing from the same DNA that was used to do the Fluidigm analysis. Citation Format: Leanne de Kock, Ismaël Bah, Mona Wu, John R. Priest, Jiannis Ragoussis, William D. Foulkes. The polyclonal nature of multinodular goitre revealed by DICER1 sequencing. [abstract]. In: Proceedings of the 107th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2016 Apr 16-20; New Orleans, LA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2016;76(14 Suppl):Abstract nr 2390.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».