Genetic testing in idiopathic interstitial pneumonia
Notice bibliographique
Résumé
Background: Idiopathic interstitial pneumonia (IIP)s are severe diseases that can occur from neonates to elderly. A genetic cause is identified in around 2% cases in sporadic cases, and up to 20% in familial cases, telomerase genes mutations being the first etiology. We aimed to identify the relevance of a systematic surfactant genetic testing in familial or sporadic early cases (before 50 years-old) of IIP with no telomerase gene mutations. Methods: Patients were recruited through the French national network for rare lung diseases. All the surfactant system genes in which mutations has been involved in IIP were sequenced by Sanger method: genes encoding the surfactant proteins A2, B and C (SFTPA2, SFTPB, SFTPC), and their transporter, the ATP-binding cassette family A member 3 (ABCA3). A signed informed consent and a clinical form were obtained for each patient. Results: A population of 227 patients (203 unrelated families) was included. Forty-two cases (20%) were familial, 89 were children at the time of the diagnosis. A genetic cause was identified for 15 unrelated patients (7.4% of the families): 7 children aged 0 to 1.5 years, and 8 adults aged 28 to 64 years, including 3 familial cases. In children, 4 had a SFTPC mutation, 3 had a homozygous or compound heterozygous ABCA3 mutation. In adults, 2 had a SFTPA2 mutation, 4 a SFTPC mutation and 2 an ABCA3 mutation. In addition, 8 patients had a heterozygous ABCA3 mutation. Discussion: A genetic cause of IIP has been identified in a number of IIP, not only in familial cases (7%), but also in sporadic cases (7%), in children (7.9%) and in adult cases (7%). These results suggest that surfactant testing is of importance in the diagnosis of IIP in children, but also in adults.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».