Time-to-Detection of Inducible Macrolide Resistance in Mycobacterium abscessus Subspecies and Its Association with the Erm(41) Sequevar
Notice bibliographique
Résumé
Mutations in the erm(41) gene of M.abscessus group organisms are associated with differences in inducible macrolide resistance, with current recommendations being to hold rapidly growing isolates for up to 14 days in order to ensure that resistance which develops more slowly can be detected. This study aimed to determine the ideal incubation time for accurate identification of inducible macrolide resistance as well as to determine if there was an association between the time taken to detect inducible resistance in M.abscessus group organisms and their erm(41) sequevar. We amplified and sequenced the erm(41) genes of a total of 104 M.abscessus group isolates and determined their sequevars. The isolates were tested for phenotypic clarithromycin resistance at days 7, 10, 14 and 21, using Trek Diagnostics Sensititre RAPMYCO microbroth dilution plates. Associations between erm(41) gene sequevars and time to detection of resistance were evaluated using Fisher's exact test in R. The samples included in this study fell into 14 sequevars, with the majority of samples falling into Sequevar02 (16), Sequevar06 (15), Sequevar08 (7) and Sequvar 15 (31), and several isolates that were in small clusters, or unique. The majority (82.7%) of samples exhibiting inducible macrolide resistance were interpreted as resistant by day 7. Two isolates in Sequevar02, which has a T28C mutation that is associated with sensitivity, showed intermediate resistance at day 14, though the majority (13) were sensitive at day 14. The majority of isolates with inducible macrolide resistance fell into Sequevars 06,08 and 15, none of which contain the T28C mutation. These sequevars were analyzed to determine if there was any correlation between sequevar and time to detection of resistance. None was found. Based on these findings, we recommend the addition of a day 7 read to the CLSI guidelines to improve turn-around-times for these isolates. It is also recommended that erm(41) gene sequencing be added to routine phenotypic testing for the resolution of cases with difficult-to-interpret phenotypic results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».