MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2491635713 · doi:10.1101/062836

<i>Foxc1</i> controls cell fate decisions during transforming growth factor β induced epithelial to mesenchymal transition through the regulation of fibroblast growth factor receptor 1 expression

2016· preprint· en· W2491635713 sur OpenAlexaff
Alex Hopkins, Mackenzie Coatham, Fred B. Berry

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2016
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Cells and Metastasis
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesShriners Hospitals for Children
Mots-clésEpithelial–mesenchymal transitionFibroblast growth factor receptor 1BiologyCell biologyMyofibroblastGene knockdownFibroblast growth factorMesenchymeTranscription factorChromatin immunoprecipitationFibroblast growth factor receptorCancer researchMesenchymal stem cellFibrosisCell cultureReceptorGene expressionMetastasisPathologyCancerMedicineGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Epithelial to mesenchymal transition (EMT) is an important physiological process that drives tissue formation during development but also contributes to disease pathogenesis including fibrosis and cancer metastasis. The forkhead box transcription factor gene FOXC1 is an important developmental regulator in the generation of mesenchymal cells necessary in the formation of the anterior segment of the eye, the craniofacial skeleton and the meninges. Recently elevated expression of FOXC1 has been detected in several metastatic cancers that have undergone EMT events. We sought to determine the role of FOXC1 in the initiation of EMT events using NMuMG cells treated with TFGβ1. We found that although Foxc1 expression was increased following TFGβ1 induced EMT, Foxc1 was not required for this induction. Instead we propose that Foxc1 is required for the specification of the mesenchyme cell type, promoting an activated fibroblast phenotype over a myofibroblast phenotype following the initiation of EMT. This cells type specification was achieved through the regulation of Fibroblast growth factor (Fgfr) 1 expression. Using an RNA sequencing approach, we determined that levels of Fgfr1 normally activated upon TFGβ1 treatment were reduced in Foxc1-knockdown cells. Through chromatin immunoprecipitation experiments we determined that FOXC1 could bind to an Fgfr1 upstream regulatory region. Furthermore, expression of the myofibroblast marker α-smooth muscle actin (αSMA) was elevated in Foxc1 knockdown cells. Finally we determined that FGF2 mediated three dimensional migratory ability was greatly impaired in Foxc1-knockdown cells. Together these results define a role for Foxc1 in specifying a mesenchymal cell type following TFGβ1 mediated EMT events.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)Même sujetCancer Cells and MetastasisTravaux en français237 207