Identification of 4‐hydroxynonenal protein targets in rat, mouse and human liver microsomes by two‐dimensional liquid chromatography/tandem mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
RATIONALE: 4-Hydroxynonenal (HNE), endogenously generated through peroxidation and breakdown of polyunsaturated fatty acids, has been linked to a number of adverse biological effects through carbonylation of essential biomolecules. Covalent binding of HNE to proteins can alter their structure and functions, causing cell damage as well as adverse immune responses. The liver plays a predominant role in metabolic transformations and hepatic proteins are often targeted by reactive metabolites. METHODS: Rat, mouse and human liver microsomes were incubated with HNE, enzymatically digested, and subjected to strong cation-exchange peptide fractionation prior to liquid chromatography/tandem mass spectrometry (LC/MS/MS) analysis coupled to electrospray ionization quadrupole time-of-flight (QqTOF) mass spectrometry. HNE-modified peptides were detected by probability-driven peptide spectral matching and comparative analysis between treated and control samples, and confirmed based on accurate mass and high-resolution MS/MS spectra. RESULTS: A total of 99, 123 and 51 HNE-modified peptides were identified in rat, mouse and human liver microsomes related to 76, 103 and 44 target proteins, respectively. Eight proteins were found to be adducted by HNE in all three species, including ATP synthase, carbamoyl phosphate synthase, cytochrome P450 1A2, glutamate dehydrogenase 1, protein ERGIC-53, protein disulfide-isomerase, and voltage-dependent anion-selective channel protein 1. These proteins play crucial roles in cellular processes and their covalent modification could potentially alter their function and lead to cytotoxicity. CONCLUSIONS: An analytical approach was developed for the identification of in vitro HNE protein targets in rat, mouse and human liver microsomes using two-dimensional (2D) LC/MS/MS. This approach can be applied to study HNE modification of proteins in vitro and in vivo, providing insight into the toxicology of HNE protein adduction. Copyright © 2016 John Wiley & Sons, Ltd.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».