Novel Method Based on Real-Time Cell Analysis for Drug Susceptibility Testing of Herpes Simplex Virus and Human Cytomegalovirus
Notice bibliographique
Résumé
The plaque reduction assay (PRA) is the gold standard phenotypic method to determine herpes simplex virus (HSV) and human cytomegalovirus (HCMV) susceptibilities to antiviral drugs. However, this assay is subjective and labor intensive. Here, we describe a novel antiviral phenotypic method based on real-time cell analysis (RTCA) that measures electronic impedance over time. The effective drug concentrations that reduced by 50% (EC50s) the cytopathic effects induced by HSV-1 and HCMV were evaluated by both methods. The EC50s of acyclovir and foscarnet against a reference wild-type (WT) HSV-1 strain in Vero cells were, respectively, 0.5 μM and 32.6 μM by PRA and 0.8 μM and 93.6 μM by RTCA. The EC50 ratios for acyclovir against several HSV-1 thymidine kinase (TK) mutants were 101.8×, 73.4×, 28.8×, and 35.4× (PRA) and 18.0×, 52.0×, 5.5×, and 87.8× (RTCA) compared to those for the WT. The EC50 ratios for acyclovir and foscarnet against the HSV-1 TK/DNA polymerase mutant were 182.8× and 9.7× (PRA) and >125.0× and 10.8× (RTCA) compared to the WT. The EC50s of ganciclovir and foscarnet against WT HCMV strain AD169 in fibroblasts were, respectively, 1.6 μM and 27.8 μM by PRA and 5.0 μM and 111.4 μM by RTCA. The EC50 ratios of ganciclovir against the HCMV UL97 mutant were 3.8× (PRA) and 8.2× (RTCA) compared to those for the WT. The EC50 ratios of ganciclovir and foscarnet against the HCMV UL97/DNA polymerase mutant were 17.1× and 12.1× (PRA) and 14.7× and 4.6× (RTCA) compared to those for the WT. RTCA allows objective drug susceptibility testing of HSV and HCMV and could permit high-throughput screening of new antivirals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».